مطالعه ترانسکریپتوم کلاله زعفرانCrocus sativus L. با استفاده از نسل دوم توالییابی RNAseq و شناسایی ژنهای دخیل در بیوسنتز کروسین

زعفران با نام علمی Crocus sativus Lمهمترین ادویه دارویی در دنیا از زمان تمدن یونان باستان میباشد. کلاله سه شاخه گل آن مهمترین قسمت تجاری این گیاه که زعفران نامیده میشود، دارای ویژگیهای دارویی و درمانی فراوانی میباشد. علیرغم ویژگیها وارزش اقتصادی این ادویه دارویی مهم اطلاعات ژنومی و ترانسکریپتومی اندکی در مورد این گیاه وجود دارد و تنها 6768 توالی ESTتاکنون برای این گیاه در پایگاههای اطلاعاتی ثبت شدهاست. در این مطالعه برای اولین بار، کلRNAکلاله زعفران به وسیله نسل دوم توالی یابی، توالییابی شد. با استفاده از تکنولوژی 2000Illumina HiSeq™ تعداد 2343380760 جفت باز و 52075128 قرائت خام به طولbp90 بهدست آمد. پس از توالییابی قرائتهای خام بهدست آمده توسط نرمافزارTrinityمونتاژ شدند و درنهایت تعداد 118075 یونیژن با میانگین طول 629 ایجاد شد. بررسی توالیهای به دست آمده در 5 پایگاه اطلاعاتی به نامهایGO ،KEGG ،Swissprot ،NCBIوCOGنشان داد که به ترتیب 56و26%و8/7%و37درصدو34 % از یونیژنها، در این پایگاهها دارای تفسیر میباشند. تعداد 10273 یونیژن دارای تفسیر در پایگاهKEGGدر 141 مسیر بیوسنتزی دخیل هستند. با بررسی یونیژنهای تفسیر شده در پایگاههای مختلف کاندید ژن های دخیل در مسیر بیوسنتز کروسین شناسایی شد.

Keywords:

زعفران , توالییابی , آر.ان.ای , کانتیک , یونیژن , کروسین