بررسی بیوانفورماتیکی ژن 3-هیدروکسی- 3-متیل گلوتاریل- کوآنزیم آ ردوکت (HMGR) در فندق (Corylus avellana)

متابولیتهای ثانویه ترکیباتی با مولکول حلقوی هستند که فرآورده های ثانویه چرخه های طبیعی رشد گیاه محسوب میشوند. ایزوپرنوئیدها (ترپنوئیدها) بزرگترین گروه فرآورده های ثانویه هستند. دو مسیر شناخته شده بیوسنتز ایزوپرنوئیدها در گیاهان شامل مسیر موالونات (MVA) و مسیر دئوکسیگزیلوز 5-فسفات/ 2- C- متیل- D-اریترول 4- فسفات (MEP) که مسیر مستقل از موالونات نامیده میشود است. آنزیم HMGR یکی از آنزیمهای کلیدی مسیر موالونات ، HMG-COA را به موالونات تبدیل میکند. تاکسول با نام عمومی پاکلی- تاکسول ازآلکالوئیدهای دیترپنویید طبیعی است و از طریق این دو مسیر تولید میشود. در این مطالعه با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی ویژگیهایی از قبیل وزن مولکولی، نقطه ی ایزوالکتریک، پپتیدهای سیگنالی، دمینهای مربوط به عبور از غشاء، ساختار ثانویه، ساختار سه بعدی پروتئین HMGR متعق به گونه های فندق، سرخدار، قارچ اندوفیت، انسان، موش و مگس سرکه و موتیف_های اختصاصی موجود در پروموتر این ژن مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که پروتئین HMGR در گونه های مذکور دارای سه ناحیه حفاظت شده است. براساس درخت فیلوژنی، بین گونه های گیاهی با سایر موجودات مورد مطالعهرابطه خویشاوندی وجود دارد که دلیلی بر اشتقاق گونه ها از یک جد مشترک میباشد. همچنین شناسایی عناصر تنظیمی موجود در پروموتر ژن HMGR با استفاده از برنامه PLACE وجود موتیفهای متعددی را نشان داد که احتمالا مسوول تنظیم فعالیت ژن هستند.

Keywords:

متابولیتهای ثانویه , ایزوترپنوئیدها , ژن HMGR , تاکسول