سیویلیکا را در شبکه های اجتماعی دنبال نمایید.

طراحی آغازگر جهت تکثیر تکرارهای نوکلئوتیدی پشت سرهم (STRs)

Publish Year: 1393
Type: Conference paper
Language: Persian
View: 736

This Paper With 10 Page And PDF Format Ready To Download

Export:

Link to this Paper:

Document National Code:

BSCONF01_733

Index date: 4 February 2015

طراحی آغازگر جهت تکثیر تکرارهای نوکلئوتیدی پشت سرهم (STRs) abstract

زمینه و هدف: جنبه مهمی از پژوهشهای ژنتیکی،پزشکی، سلولی مولکولی و سایر گرایشهای بیولوژی مولکولی داشتن مهارت مولکولی و بیوانفورماتیکی است. در هر پژوهش بیولوژی مولکولی انجام یک یا چند مرحله PCR امری اجتناب ناپزیر است. هر PCR موفقی نیازمند داشتن مهارت عملی و همچنین دارا بودن آغازگرهای مناسب میباشد. بخش زیادی از ژنوم انسان حاوی توالیهای تکراری STR میباشد. از سوی دیگر اکثر STR ها با افزایش ریسک ابتلا به بیماریها مرتبط هستند. در این پژوهش با هدف تکثیر تکرارهای دونکلئوتیدی GT موجود در پروموتر ژن HO-1 چگونگی استفاده از بانکهای اطلاعاتی، مراحل طراحی آغازگرها واصول طراحی آغازگرها مناسب شرح داده شده اند. نرم افزارها و روشها: توالی پروموتر ژن HO-1 که دارای ناحیه پلی مورفیسم تکرار دونکلئوتیدی است از بانک اطلاعاتی EPD بدست آمد. توالی وارد برنامه جامع طراحی آغازگر Oligo نسخه 7 شد. سپس آغازگرهای طراحی شده با نرم افزار Nucleotide blast موجود در بانک اطلاعاتی NCBI مورد سنجش قرار گرفت. نتایج: ویژگی ساختمانی آغازگرهای طراحی شده با نرمافزار Oligo شامل طول، GC%، TM سنجیده شد. سپس از نظر اختصاصیت اتصال با نرمافزار Blast بررسی شدند و در نهایت دو آغازگر رفت و برگشت با طول برابر با 27 نکلئوتید ، TM=67/2 و GC%=59/3 و E value= 5×10^-8 طراحی شدند. بحث: طراحی آغازگرهای مناسب نیازمند توجه به اصول مهم طراحی و Blast میباشد.از مهمترین آنها TM، درصد GC مشابه بهم دو آغازگر همچنین توجه به ساختارهای ثانویه مخصوصا در انتهای '3 میباشد. ضروریترین اصل BLAST دو آغازگر توجه به E value میباشد و بیانگر میزان اختصاصیت اتصال دو آغازگر به توالی الگو است. باتوجه به اصول طراحی و Blast دو آغازگر طراحی شد.

طراحی آغازگر جهت تکثیر تکرارهای نوکلئوتیدی پشت سرهم (STRs) Keywords:

طراحی آغازگر جهت تکثیر تکرارهای نوکلئوتیدی پشت سرهم (STRs) authors

مرضیه حمیدی

کارشناسی ارشد ژنتیک مولکولی، بخش ژنتیک، گروه زیست شناسی، دانشکده ی علوم، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران

مجید متولی باشی

دانشیار، بخش ژنتیک، گروه زیست شناسی، دانشکده ی علوم، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
بابک باباعباسی؛کارگاه الکترونیکی بیوانفورماتیکی زیرنظر دکتر ملبوبی، فصل هیجدهم، سری ...
physiological significance of heme oxygenase, The International Journal of Biochemistry ...
Ferguson, J. M. (2005) An examination of genetic polymorphis _ ...
Lo S, Lin C, Wu W, Chen H, Yeh I, ...
and lymphovas cular tumor invasion; Annals of Surgical Oncology (2007) ...
Kwon J, PCR protocol, human press, (2011), 18tt edition, Harvard ...
نمایش کامل مراجع

مقاله فارسی "طراحی آغازگر جهت تکثیر تکرارهای نوکلئوتیدی پشت سرهم (STRs)" توسط مرضیه حمیدی، کارشناسی ارشد ژنتیک مولکولی، بخش ژنتیک، گروه زیست شناسی، دانشکده ی علوم، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران؛ مجید متولی باشی، دانشیار، بخش ژنتیک، گروه زیست شناسی، دانشکده ی علوم، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران نوشته شده و در سال 1393 پس از تایید کمیته علمی اولین کنگره ملی زیست شناسی و علوم طبیعی ایران پذیرفته شده است. کلمات کلیدی استفاده شده در این مقاله طراحی آغازگر،پروموتر ژن HO-1، تکرارهای پشت سرهم GT (STR)، بانک اطلاعاتی EPD، بانک اطلاعاتی NCBI، نرم افزار Oligo هستند. این مقاله در تاریخ 15 بهمن 1393 توسط سیویلیکا نمایه سازی و منتشر شده است و تاکنون 736 بار صفحه این مقاله مشاهده شده است. در چکیده این مقاله اشاره شده است که زمینه و هدف: جنبه مهمی از پژوهشهای ژنتیکی،پزشکی، سلولی مولکولی و سایر گرایشهای بیولوژی مولکولی داشتن مهارت مولکولی و بیوانفورماتیکی است. در هر پژوهش بیولوژی مولکولی انجام یک یا چند مرحله PCR امری اجتناب ناپزیر است. هر PCR موفقی نیازمند داشتن مهارت عملی و همچنین دارا بودن آغازگرهای مناسب میباشد. بخش زیادی از ژنوم انسان حاوی توالیهای تکراری STR میباشد. ... . برای دانلود فایل کامل مقاله طراحی آغازگر جهت تکثیر تکرارهای نوکلئوتیدی پشت سرهم (STRs) با 10 صفحه به فرمت PDF، میتوانید از طریق بخش "دانلود فایل کامل" اقدام نمایید.