طراحی آغازگر جهت تکثیر تکرارهای نوکلئوتیدی پشت سرهم (STRs)

زمینه و هدف: جنبه مهمی از پژوهشهای ژنتیکی،پزشکی، سلولی مولکولی و سایر گرایشهای بیولوژی مولکولی داشتن مهارت مولکولی و بیوانفورماتیکی است. در هر پژوهش بیولوژی مولکولی انجام یک یا چند مرحله PCR امری اجتناب ناپزیر است. هر PCR موفقی نیازمند داشتن مهارت عملی و همچنین دارا بودن آغازگرهای مناسب میباشد. بخش زیادی از ژنوم انسان حاوی توالیهای تکراری STR میباشد. از سوی دیگر اکثر STR ها با افزایش ریسک ابتلا به بیماریها مرتبط هستند. در این پژوهش با هدف تکثیر تکرارهای دونکلئوتیدی GT موجود در پروموتر ژن HO-1 چگونگی استفاده از بانکهای اطلاعاتی، مراحل طراحی آغازگرها واصول طراحی آغازگرها مناسب شرح داده شده اند. نرم افزارها و روشها: توالی پروموتر ژن HO-1 که دارای ناحیه پلی مورفیسم تکرار دونکلئوتیدی است از بانک اطلاعاتی EPD بدست آمد. توالی وارد برنامه جامع طراحی آغازگر Oligo نسخه 7 شد. سپس آغازگرهای طراحی شده با نرم افزار Nucleotide blast موجود در بانک اطلاعاتی NCBI مورد سنجش قرار گرفت. نتایج: ویژگی ساختمانی آغازگرهای طراحی شده با نرمافزار Oligo شامل طول، GC%، TM سنجیده شد. سپس از نظر اختصاصیت اتصال با نرمافزار Blast بررسی شدند و در نهایت دو آغازگر رفت و برگشت با طول برابر با 27 نکلئوتید ، TM=67/2 و GC%=59/3 و E value= 5×10^-8 طراحی شدند. بحث: طراحی آغازگرهای مناسب نیازمند توجه به اصول مهم طراحی و Blast میباشد.از مهمترین آنها TM، درصد GC مشابه بهم دو آغازگر همچنین توجه به ساختارهای ثانویه مخصوصا در انتهای '3 میباشد. ضروریترین اصل BLAST دو آغازگر توجه به E value میباشد و بیانگر میزان اختصاصیت اتصال دو آغازگر به توالی الگو است. باتوجه به اصول طراحی و Blast دو آغازگر طراحی شد.

Keywords:

طراحی آغازگر , پروموتر ژن HO-1 , تکرارهای پشت سرهم GT (STR) , بانک اطلاعاتی EPD , بانک اطلاعاتی NCBI , نرم افزار Oligo