ارزیابی کارائی چهار روش استخراج DNA از باکتری باسیلوس سرئوس با استفاده از PCR

موضوع: جداسازی DNA ژنومی از سلول های باکتریایی از جمله فرآیندهایی است که در اکثر آزمایشگاه های زیستی انجام می گیرد، بدین منظور روش های گوناگون به صورت دستی و کیت ارایه شده است، هرچند که اما این روش ها ممکن است زمان بر و پرهزینه باشند. هدف: در این مقاله جهت دستیابی به روش سریع و کم هزینه استخراج DNA ژنومی باکتری باسیلوس سرئوس چند روش متفاوت استخراج مورد بررسی قرار گرفته است، کارایی روش های استخراج شده بوسیله PCR مورد تایید قرار گرفته است. روش: استخراج DNA به چهار روش رایج جوشاندن، شوک حرارتی، سرنگ و استفاده از کیت استخراج شد و در ادامه جهت بررسی کارایی DNA استخراج شده، تست PCR اختصاصی برای ژن nheD موجود در ژنوم باکتری باسیلوس سرئوس انجام گرفت. دست آورد: بررسی DNA استخراج شده توسط روش های متفاوت نشان داد که محصول بدست آمده با استفاده از کیت دارای بهترین نتیجه از نظر شاخص غلظت (μg/ml) و خلوص DNA (A260/A280) می باشد که قابل مقایسه با نمونه های بدست آمده از روش دستی است. این شاخص ها به ترتیب فاکتور خلوص و غلظت 2/3و 225 برای روش جوشاندن، 1/8 و 415 برای کیت، 1/77 و 90 شوک حرارتی و 2/2 و 80 برای روش استفاده از سرنگ می باشد. در ادامه نتایج PCR انجام گرفته با استفاده از این DNA ها نشان داد که استخراج ژنوم با استفاده از روش های دستی تاثیر بر روی کارایی آن در واکنش زنجیره ای پلیمراز ندارد. از یافته ای این تحقیق می توان نتیجه گرفت اگرچه استخراج با کیت استفاده شده کیفیت بالاتری نسبت به روشهای دستی دارد ولی با درنظر گرفتن زمان و مواد مصرفی به کار رفته در این روش می توان از روش استخراج DNA به صورت جوشاندن و شوک حرارتی با راندمان مناسب برای PCR بهره برد.

Keywords:

باسیلوس سرئوس , ژنوم باکتریایی , استخراج DNA , واکنش زنجیره ای پلیمراز(PCR)