بررسی و پیاده سازی موازی انطباق چندگانه توالیها با استفاده از واحد پردازش گرافیک (GPU)

انطباق چندگانه ی توالی ها در بیوانفورماتیک یک عمل اساسی و ضروری است. برای پیشگویی ساختار دوم و سومپروتئین ها لازم است که ابتدا عمل انطباق چندگانه انجام شود. از آنجا که تعداد توالی های زیستی بسیار زیاد است، ازراهکارهای متعارف نمی توان در مدت زمان قابل قبول نتیجه ی دلخواه را به دست آورد. بدین منظور الگوریتم هایی که جهتانطباق مورد بررسی قرار می گیرند، به صورت موازی پیاده سازی شده اند. در میان روش های مختلف موازی سازی، استفاده ازسخت افزار واحد پردازش گرافیک به علت ارزان بودن، کانون توجهات قرار گرفته است. یکی از بهترین الگوریتم های فراابتکاری که برای انطباق چندگانه به کار می رود، الگوریتم T-Coffee است. این الگوریتم علیرغم دقت محاسباتی بالا،پیچیدگی زمانی بالایی نیز دارد. برای بهبود پیچیدگی زمانی این الگوریتم، از الگوریتم G-MSA استفاده می شود. در اینالگوریتم، الگوریتم T-Coffee ، با استفاده از GPU به صورت موازی پیاده سازی می گردد و نتایج به صورت قابل توجهیبهبود می یابد.

Keywords:

انطباق چندگانه ی توالی ها , الگوریتم T-Coffee , واحد پردازش گرافیک (GPU) , موازی سازی