پیش بینی ساختار سه بعدی پروتیین با استفاده از الگوریتم تکاملی ترکیبی

پیش بینی ساختار پروتیین از اهمیت بالایی در شاخه ی بیوانفورماتیک برخوردار است. با توجه به کاربردهای متنوع آن در بیوتکنولوژی، امروزه توجه ویژه ای به این بخش می شود. منظور از پیش بینی ساختار پروتیین، تعیین ساختار سه بعدی آن می باشد، که از ساختار اول پروتیین پیش بینی انجام می گیرد. دلیل استفاده از روش های وابسته به کامپیوتر و الگوریتم وار این است که به طور متوسط سریع تر و و ارزان تر از روش های می باشند. مسیله ی پیش بینی ساختار پروتیین در زمره ی روش های چند جمله ای غیرقطبی سخت قرار می گیرد، بنابراین در این مقاله برای حل این مسیله روش تکاملی ترکیبی ارایه شده است. در این مقاله ابتدا هفت الگوریتم برای حل مسیله ی پیش بینی ساختار ارایه شده، سپس بهترین الگوریتم بعنوان راه کار پیشنهادی انتخاب شده است. هفت الگوریتم شامل الگوریتم های ژنتیک، تپه نوردی و اتوماتای یادگیری و ترکیب های مختلف این الگوریتم ها با یکدیگر می باشد. در نهایت الگوریتم GAHLmix ( ترکیب ژنتیک و تپه نوردی و اتوماتای یادگیری ) بعنوان بهترین راه کار ارایه شده با سایر نمونه های پیشین سایر محققین مورد بررسی و مقایسه قرار داده شده است، که نشان از برتری راه کار پیشنهادی در مقایسه با سایر راه کارها دارد.

Keywords:

الگوریتم ژنتیک , تپه نوردی , اتوماتای یادگیری , تاخوردگی , مدل HP , جستجوی محلی , جستجوی سراسری