بررسی تنوع ژنتیکی گاندو، کروکودیل پوزه کوتاه ایرانی (Crocodylus Palustris)، با استفاده از توالی یابی نواحی D-Loop و Cyt b میتوکندری

احمد افشاریان; محمدرضا نصیری; اسماعیل ابراهیمی; علی جوادمنش

بررسی تنوع ژنتیکی گاندو، کروکودیل پوزه کوتاه ایرانی (Crocodylus Palustris)، با استفاده از توالی یابی نواحی D-Loop و Cyt b میتوکندری

Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 9، Issue: 4

Publish Year: 1397

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 22 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/864853

Document National Code:

JR_JOAGK-9-4_002

Index date: 10 June 2019

بررسی تنوع ژنتیکی گاندو، کروکودیل پوزه کوتاه ایرانی (Crocodylus Palustris)، با استفاده از توالی یابی نواحی D-Loop و Cyt b میتوکندری abstract

شناسایی ویژگی های ژنتیکی تمساح پوزه کوتاه ایرانی (گاندو)، در برنامه ریزی مدیریتی به منظور حفاظت و نگهداری آن نقش بسیار مهمی دارد، لذا این پژوهش با هدف، بررسی ژنتیکی کروکودیل پوزه کوتاه ایران بر اساس مطالعه جمعیتی نواحی ثابت و متغیر ژنوم میتوکندری انجام گردید. بدین منظور، 12 نمونه بافت پوست و خون از سه منطقه مختلف شهرستان چابهار جمع آوری و پس از استخراج DNA، نواحی ثابت و متغییر ژنوم میتوکندری Cyt b و D-loop با استفاده از روش PCR تکثیر گردید. محصولات PCR توالی یابی و سپس آنالیز نتایج با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیک و مبتنی بر داده های نوکلئوتیدی و کدون های پروتئینی انجام گرفت. نتایج این تحقیق نشان داد که تمامی نمونه های مورد مطالعه، دارای توالی نوکلوتیدی یکسان هستند و هیچ تنوع ژنتیکی در بین این نمونه ها یافت نشد. نزدیکترین گونه به گاندو، گونه Crocodylus palustris و سپس گونه C. porosus بدست آمد. مقایسه توالی ها نشان دهنده وجود 12 جایگاه پلی مورفیک در بین 1156 جایگاه مورد مطالعه بود و 5 هاپلوگروپ معرفی گردید. لذا، با توجه به عدم مشاهده تنوع ژنتیکی در بین نمونه های مورد مطالعه، استفاده از برنامه های حفاظتی جهت افزایش تنوع ژنتیکی در گاندو امری بسیار ضروری به نظر میرسد.

بررسی تنوع ژنتیکی گاندو، کروکودیل پوزه کوتاه ایرانی (Crocodylus Palustris)، با استفاده از توالی یابی نواحی D-Loop و Cyt b میتوکندری Keywords:

تمساح گاندو , تنوع ژنتیکی , درخت فیلوژنتیک , ژنوم میتوکندری

بررسی تنوع ژنتیکی گاندو، کروکودیل پوزه کوتاه ایرانی (Crocodylus Palustris)، با استفاده از توالی یابی نواحی D-Loop و Cyt b میتوکندری authors

احمد افشاریان

دانشجوی مقطع دکتری، گروه علوم دامی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.

محمدرضا نصیری

استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.

اسماعیل ابراهیمی

دانشیار، گروه بیومدیکال مولکولی، دانشگاه آدلاید استرالیا.

علی جوادمنش

استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

Ballard JWO, Whitlock MC (2004). The incomplete natural history of ...

Bazin E, Glemin S, Galtier N (2006). Population size does ...

Bell G, Collins S (2008). Adaptation, extinction and global change. ...

Bellagamba F, Moretti VM, Comincini S, Valfare F (2001). Identification ...

Benson DA, Cavanaugh M, Clark K, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ ...

Blows MW, Hoffmann AA (2005). A reassessment of genetic limits ...

Brochu C (2000). Phylogenetic relationships and divergence timing of Crocodylus ...

Brochu C, Densmore L (2001). Crocodile phylogenetics: a summary of ...

Brochu C, Njau J, Blumenschine R, Densmore L (2010). A ...

Bruford MW, Bradley DG, Luikart G (2003). DNA markers reveal ...

Da Silva A, Lenin J (2010). Mugger crocodile Crocodylus palustris. ...

de Vos A. 1984. Crocodile conservation in India. Biological conservation ...

Deng W, Maust BS, Nickle DC, Learn GH, Liu Y ...

Densmore LD, Owen RD (1989). Molecular systematics of the order ...

Dolati V, Evrigh N, Nikbin S, Behmaram R (2016). Phylogenetic ...

Ewing B, Green P (1998). Base-Calling of Automated Sequencer Traces ...

Excoffier L, Lischer HE (2010). Arlequin suite ver 3.5: a ...

Farris JS (1970). Methods for computing Wagner trees. Systematic Biology. ...

Farris JS (1989). The retention index and the rescaled consistency ...

Felsenstein J (1981). Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum ...

Felsenstein J (1985). Confidence limits on phylogenies: an approach using ...

Feng G, Wu X, Yan P, Li X (2010). Two ...

Fitch WM (1971). Toward defining the course of evolution: minimum ...

Gatesy J, Amato G (2008). The rapid accumulation of consistent ...

Gatesy J, Baker R, Hayashi C (2004). Inconsistencies in arguments ...

Hoffmann AA, Sgrò CM (2011). Climate change and evolutionary adaptation. ...

Hurst GD, Jiggins FM (2005). Problems with mitochondrial DNA as ...

Janke A, Gullberg A, Hughes S, Aggarwal R, Arnason U ...

Javanmard A, Mohammadabadi MR, Zarrigabayi GE, Gharahedaghi AA, Nassiry MR, ...

Lalitha S (2000). Primer premier 5. Biotech Software & Internet ...

Lanfear R, Kokko H, Eyre-Walker A (2014). Population size and ...

Larkin MA, Blackshields G, Brown N, Chenna R, McGettigan PA. ...

Lartillot N, Rodrigue N, Stubbs D, Richer J (2013). PhyloBayes ...

Man Z, Yishu W, Peng Y, Xiaobing W (2011). Crocodilian ...

McAliley LR, Willis RE, Ray DA, White PS, Brochu CA ...

McCarthy C (2005). Chromas, pp. Technelysium Pty Ltd. ...

Meganathan P, Dubey B, Batzer M, Ray D, Haque I ...

Meredith RW, Hekkala ER, Amato G, Gatesy J (2011). A ...

Mohammadi A, Nassiry MR, Mosafer J, Mohemmadabadi MR, Sulimova GE ...

Mousavizadeh A, Mohammad Abadi MR, Torabi A, Nassiry MR, Ghiasi ...

Naderi S, Rezaei HR, Taberlet P, Zundel S, Rafat SA, ...

Nassiri MR, Parizadeh SA, Mahdavi M, Ariannejad H (2010). Genetic ...

Nassiry M, Tahmorespour M, Javadmanesh A, Soltani M, Foroutani Far ...

O’Grady JJ, Brook BW, Reed DH, Ballou JD, Tonkyn DW ...

Oaks JR (2011). A time‐calibrated species tree of crocodylia reveals ...

Pruitt KD, Tatusova T, Maglott DR (2007). NCBI reference sequences ...

Puurtinen M, Knott KE, Suonpää S, Ooik Tv, Kaitala V ...

Reed DH, Frankham R (2003). Correlation between fitness and genetic ...

Roos J, Aggarwal R, Janke A (2007). Extended mitogenomic phylogenetic ...

Saitou N, Nei M (1987). The neighbor-joining method: a new ...

Sayers EW, Barrett T, Benson DA, Bolton E, Bryant SH ...

Stamatakis A (2006). RAxML-VI-HPC: maximum likelihood-based phylogenetic analyses with thousands ...

Stamatakis A, Hoover P, Rougemont J (2008). A rapid bootstrap ...

Stewart JB, Freyer C, Elson JL, Larsson N (2008). Purifying ...

Swindell S, Plasterer T (1997). SEQMAN, in Sequence Data Analysis ...

Swofford DL (2003). PAUP. Phylogenetic analysis using parsimony (and other ...

Whitaker R, Andrews H (2003). Crocodile conservation, Western Asia Region: ...

Willi Y, Van Buskirk J, Hoffmann AA (2006). Limits to ...

Willis R, McAliley L, Neeley E, Densmore L (2007). Evidence ...

Yang Z, Rannala B (1997). Bayesian phylogenetic inference using DNA ...

Zamani P, Akhondi M, Mohamadabadi M, Saki AA, Ershadi A, ...

نمایش کامل مراجع