بررسی فاز عدم تعادل لینکاژی بر روی کروموزوم شماره 6 گاو های نژاد هلشتاین
Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 8، Issue: 2
Publish Year: 1395
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 463
This Paper With 16 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_JOAGK-8-2_006
Index date: 10 June 2019
بررسی فاز عدم تعادل لینکاژی بر روی کروموزوم شماره 6 گاو های نژاد هلشتاین abstract
در مطالعات ارتباطی و انتخاب ژنومی تعیین وسعت عدم تعادل لینکاژی، در تشخیص میزان نشانگر مورد نیاز و اندازه نمونه، اهمیت دارد. دراین پژوهش از 1089 گاو نر هلشتاین نمونه خون و اسپرم تهیه شد و با استفاده از بسته نشانگری K50 شرکت ایلومینا ژنوتیپ 2030 نشانگر بر روی کروموزوم شماره 6 بر مبنای اسمبلی UMD3.1 ژنوم گاو تعیین شد. دادهها برای جهش تکنوکلئوتیدی نادرست و افراد با ژنوتیپهای نامشخص با استفاده از نرمافزار Plink تصحیح شد. پس از تصحیح 1606 نشانگر (%79) باقی ماند. متوسط هتروزیگوسیتی مشاهده شده 37/0 بود و %80 نشانگرها حداقل فراوانی آللی بالاتر از 2/0 داشتند. عدم تعادل لینکاژی با محاسبه دو پارامتر Dˊ و r2 از طریق نرم افزار Haploview محاسبه شد. در این مطالعه وسعت عدم تعادل لینکاژی kb40 ( 3/0=r2 ) برآورد شد و مقدار r2 در kb80 به 2/0(سطح متوسط) و در kb300 به 1/0 (سطح پایه)کاهش یافت. اندازه موثر جمعیت در 10 نسل قبل حدود 100 راس بود. علاوه بر این، 49 بلوک هاپلوتیپی با دامنه kb472-18 و پوشش Mb 6/10 از کل کروموزم شناسایی شد. نتایج این پژوهش نشان داد که بطور تقریبی بین 70000- 40000 نشانگر یا یک نشانگر به ازاء هر kb 75-40 برای مطالعات ارتباطی کل ژنوم در این جمعیت مورد نیاز است.
بررسی فاز عدم تعادل لینکاژی بر روی کروموزوم شماره 6 گاو های نژاد هلشتاین Keywords:
بررسی فاز عدم تعادل لینکاژی بر روی کروموزوم شماره 6 گاو های نژاد هلشتاین authors
مریم نصرتی
استادیار، گروه کشاورزی، دانشگاه پیام نور، صندوق پستی ۳۶۹۷-۱۹۳۹۵، تهران، ایران
مجتبی طهمورث پور
استاد گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، ایران
لوکا فونتانزی
استاد دانشکده کشاورزی- غذا و مرکز ژنومیک دانشگاه بلونیا، ایتالیا
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :