ارزیابی ساختار ژنتیکی شتر با استفاده از روش های PCA و خوشه بندی سلسله مراتبی
Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 8، Issue: 3
Publish Year: 1395
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 513
This Paper With 14 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_JOAGK-8-3_006
Index date: 10 June 2019
ارزیابی ساختار ژنتیکی شتر با استفاده از روش های PCA و خوشه بندی سلسله مراتبی abstract
الگوهای حاصل از دادههای مولکولی میتوانند جهت شناسایی ارتباط میان جمعیتهای یک گونه به کار گرفته شوند. در ایران، شتر به عنوان یکی از منابع مهم جهت تامین شیر، گوشت و الیاف کاربرد گستردهای دارد. با استفاده از 8 جفت نشانگر ریزماهواره (YWLL08، VOLP03، VOLP08، YWLL38، CVR01، YWLL44، VOLP32 وVOLP67 ) ساختار و فاصله ژنتیکی جمعیت 81 نفره شتر، ارزیابی گردید. با استفاده از روش نمکی بهینه یافته، DNA ژنومی شترها استخراج و تکثیر جایگاههای ریزماهواره از طریق واکنش زنجیرهای پلیمراز با موفقیت انجام شد و فرآوردههای حاصل روی ژل پلیآکریلآمید 8% واسرشتهساز الکتروفورز شدند. بیشترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت شهربابک و صحرای جهاد (56/0) و کمترین آن بین دو جمعیت رفسنجان (11/0) مشاهده گردید. نتایج PCA به بهترین شکل تعداد گروههای ژنتیکی موجود در مجموعه دادهها را توجیه کرد و نشان داد که کل نمونهها به 3 مولفه اصلی تفکیک شدند. همچنین نتایج خوشهبندی سلسله مراتبی نشان داد که در اولین سطح خوشهبندی، جمعیتهای شهربابک، رفسنجان 1 و رفسنجان 2 در خوشه مشترکی قرار دارند و جمعیت شمشیرآباد خوشه متمایز دیگری را به خود اختصاص داده است، در حالیکه جمعیت صحرای جهاد در یک خوشه کاملا مستقل قرار گرفته است. در کل نتایج حاصل از این مطالعه نشان دهنده مطابقت خوشهبندی ژنتیکی جمعیتها با فواصل جغرافیایی آنهاست.
ارزیابی ساختار ژنتیکی شتر با استفاده از روش های PCA و خوشه بندی سلسله مراتبی Keywords:
ارزیابی ساختار ژنتیکی شتر با استفاده از روش های PCA و خوشه بندی سلسله مراتبی authors
مهرداد قاسمی میمندی
دانش اموخته کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنرکرمان
محمدرضا محمدآبادی
استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر، کرمان، ایران
مهدیه منتظری
دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران/ انجمن پژوهشگران جوان، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران.
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :