تکثیر ژن فیلیای گاوی غنی از GC به کمک بهینه سازی طراحی آغازگر

فیلیا ژنی با اثرات مادری است و اختلال در کارکرد آن در موش منجر به کاهش باروری، و در انسان باعث سقط جنین می­گردد. بررسی توالی رونوشت فیلیا در گاو در NCBI نشان می­دهد که نسبت به اورتولوگ انسان و موش دارای درصد GC بالاتری است. این امر منجر به اختلال در تکثیر ژن در طی سیکل تکثیر PCR می­گردد. مطالعه­ی حاضر به­منظور بررسی امکان تکثیر بخشی از رونوشت فیلیای گاوی با درصد بالای GC با بهینه سازی در طراحی آغازگر به اجرا درآمد. آغازگرها برای دو قطعه­ی 443 و 230 جفت بازی از ژن مذکور طراحی شد به­صورتی که فقط برای قطعه­ی اول، دو شرط دمای ذوب بالا و اختلاف اندک دمای ذوب آغازگرها در نظر گرفته شد. بررسی بیوانفورماتیک از نظر وضعیت GC و ساختارهای ثانویه­ی احتمالی این قطعات صورت گرفت. استخراج RNA از تخمک­های جداشده از تخمدان­های گاوی انجام گرفت. پس از واکنش رونویسی معکوس، واکنش PCR با دماهای اتصال مختلف به صورت دو و سه­مرحله­ای صورت گرفت. نتایج نشان داد که قطعه­ی 443 جفت بازی دارای یک جزیره­ی CpG و درصد GC بیشتر و قابلیت تشکیل ساختارهای ثانویه­ی پیچیده­تری نسبت به قطعه­ی 230 جفت بازی است. با این وجود تنها قطعه­ی 443 جفت بازی که دارای آغازگرهای با ویژگی­های موردنظر بود، با باند مشخصی تکثیر گردید. نتایج نشان داد اختلاف اندک دمای ذوب آغازگرها، بالا بودن دمای اتصال آن­ها و دومرحله­ای شدن واکنش می­تواند در تکثیر اختصاصی توالی­های غنی از GC موثر باشد.

Keywords:

ژن فیلیای گاو , درصد GC , جزیره ی CpG , ساختار ثانویه , دمای اتصال