سیویلیکا را در شبکه های اجتماعی دنبال نمایید.

کاربرد دینامیک مولکولی در طراحی پیشرفته فرآورده های بیولوژیک و مطالعه پروتئین اجرام عفونی

Publish Year: 1397
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 884

This Paper With 15 Page And PDF Format Ready To Download

Export:

Link to this Paper:

Document National Code:

JR_VTJ-31-2_001

Index date: 3 July 2019

کاربرد دینامیک مولکولی در طراحی پیشرفته فرآورده های بیولوژیک و مطالعه پروتئین اجرام عفونی abstract

شبیه سازی دینامیک مولکولی (MD) دانشی است که از ترکیب علوم زیستی، شیمی و روش ها و الگوریتم های متنوع رایانه ای-ریاضیاتی استفاده می کند. این تکنیک جهت طراحی پیشرفته دارو، واکسن، آنتی بادی، پروتئین یا پپتید و سایر ماکرو و میکرو مولکول های اجرام عفونی یا غیر عفونی و مواد بکار برده می شود. شکوفایی و تحول روزافزون این زمینه از علم بیوانفورماتیک در طراحی و ساخت فوق پیشرفته فرآورده های بیولوژیک و دارویی، به شبیه سازی برون تنی پدیده های زیستی مشابه با شرایط درون تنی کمک شایانی نموده است. آشنایی هر چه بیشتر با این علم از نقطه نظر کاربردی و تولیدی برای محققین شاغل در دانشگاه ها و پژوهشگاه های علوم پزشکی و دامپزشکی می تواند سبب آشنایی هر چه بیشتر آن ها با این حوزه مترقی از علم شده و در بهبود پژوهش ها و تولیدات مفید باشد. از سوی دیگر، به کارگیری این علم می تواند به صورت قابل ملاحظه ای موجب صرفه جویی در هزینه ها و زمان شود. در این مقاله در درجه نخست به معرفی و تقسیم بندی دینامیک مولکولی از دید کلی پرداخته شده است و سپس مطالب پایه ای و مزایای دینامیک مولکولی، روش ها و برنامه های مورد استفاده در آن مورد بررسی قرار گرفته است. در پایان به کاربرد این روش نوین در تحقیقات ایمونوانفورماتیک (طراحی واکسن، کیت، آنتی بادی، ادجوانت و غیره) و کموانفورماتیک (طراحی دارو) و همچنین بررسی اجرام عفونی پرداخته شده است.

کاربرد دینامیک مولکولی در طراحی پیشرفته فرآورده های بیولوژیک و مطالعه پروتئین اجرام عفونی Keywords:

کاربرد دینامیک مولکولی در طراحی پیشرفته فرآورده های بیولوژیک و مطالعه پروتئین اجرام عفونی authors

محمد مهدی رنجبر

موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران

علیرضا یوسفی

موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران

سعید عالمیان

موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران

مهدی احمدی

موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
Alamian, S., M. Esmaelizad, T. Zahraei, A. Etemadi, M. Mohammadi, ...
Babu, K.R., V.K. Rao, Y.N. Kumar, K. Polireddy, K.V. Subbaiah, ...
Barakat, K.H., J. Law, A. Prunotto, W.C. Magee, D.H. Evans, ...
Brini, E., E.A. Algaer, P. Ganguly, C. Li, F. Rodríguez-Ropero ...
Childers, M.C. and V. Daggett. 2017. Insights from molecular dynamics ...
da Costa, A.L., I. Pauli, M. Dorn, E.K. Schroeder, C.-G. ...
De Vivo, M., M. Masetti, G. Bottegoni and A. Cavalli. ...
Demir, O.z. and R.E. Amaro. 2012. Elements of nucleotide specificity ...
Dror, R.O., R.M. Dirks, J. Grossman, H. Xu and D.E. ...
Durrant, J.D. and J.A. McCammon. 2011. Molecular dynamics simulations and ...
Frembgen-Kesner, T. and A.H. Elcock. 2006. Computational sampling of a ...
Genheden, S. and U. Ryde. 2015. The MM/PBSA and MM/GBSA ...
Gogonea, V., D. Suárez, A. van der Vaart and K.M. ...
Groenhof, G. 2013. Introduction to QM/MM simulations. Biomolecular Simulations: Methods ...
Gupta, M., Y. Prasad, S.K. Sharma and C.K. Jain. 2017. ...
Hospital, A., J.R. Goñi, M. Orozco and J.L. Gelpí. 2015. ...
Hu, X., P.M. Legler, N. Southall, D.J. Maloney, A. Simeonov ...
Ivetac, A. and J. Andrew McCammon. 2010. Mapping the Druggable ...
Kass, I., A.M. Buckle and N.A. Borg. 2014. Understanding the ...
Kohlhoff, K.J., D. Shukla, M. Lawrenz, G.R. Bowman, D.E. Konerding, ...
Lei, H. and Y. Duan. 2007. Improved sampling methods for ...
Leimkuhler, B. and C. Matthews. 2015. Molecular Dynamics: With Deterministic ...
Leonov, H., P. Astrahan, M. Krugliak and I.T. Arkin. 2011. ...
Li, H.-J., C.-T. Lai, P. Pan, W. Yu, N. Liu, ...
Maithri, G., B. Manasa, S. Vani, A. Narendra and T. ...
Mallik, B. and D. Morikis. 2006. Applications of molecular dynamics ...
Mancini, D.T., K.S. Matos, E.F. da Cunha, T.M. Assis, A.P. ...
Mortier, J., C. Rakers, M. Bermudez, M.S. Murgueitio, S. Riniker ...
Mortier, J., C. Rakers, R. Frederick and G. Wolber. 2012. ...
Nair, P.C. and J.O. Miners. 2014. Molecular dynamics simulations: from ...
Pappalardo, F., V. Brusic, M. Pennisi and G. Zhang. 2015. ...
Pradeepkiran, J.A., K.K. Kumar, Y.N. Kumar and M. Bhaskar. 2015. ...
Rakers C., S.-M. Schwerdtfeger, J. Mortier, S. Duwe, T. Wolff, ...
Ranjbar, M., Ataei Kachooei, S., Matin, M. 2017. Study of ...
Ranjbar, M., S. Ataei, G. Nikbakht and S. Golabdar. 2017. ...
Ranjbar, M., D. Mosavi Nasab, A. Ghelian chian, A. Nazoktabar, ...
Ranjbar, M.M., V. Assadolahi, M. Yazdani, D. Nikaein and B. ...
Ranjbar, M.M., S. Golabdar and M. Khajoei. 2014. Chemoinformatic: An ...
Ranjbar, M.M., A. Nayeb Ali, K. Ghorban, A. Ghalyanchi Langeroudi, ...
Rashidieh, B., M. Valizadeh, V. Assadollahi and M.M. Ranjbar. 2015. ...
Riniker, S., J.R. Allison and W.F. van Gunsteren. 2012. On ...
Satoh, A. 2010. Introduction to practice of molecular simulation: molecular ...
Schames, J.R., R.H. Henchman, J.S. Siegel, C.A. Sotriffer, H. Ni ...
Shi, Y., Z. Xia, J. Zhang, R. Best, C. Wu, ...
Stavrakoudis, A. 2010. Conformational flexibility in designing peptides for immunology: ...
Tai, K. 2004. Conformational sampling for the impatient. Biophysical Chemistry ...
Vanommeslaeghe, K. and O. Guvench. 2014. Molecular mechanics. Current pharmaceutical ...
Vlachakis, D., E. Bencurova, N. Papangelopoulos and S. Kossida. 2014. ...
Wassman, C.D., R. Baronio, Ö. Demir, B.D. Wallentine, C.-K. Chen, ...
Welsch, C., S. Schweizer, T. Shimakami, F.S. Domingues, S. Kim, ...
Yang, Z., N. Wu, Y. Fu, G. Yang, W. Wang, ...
Young, J.K., D. Li, M.C. Abramowitz and T.G. Morrison. 1999. ...
Yu, W., S.K. Lakkaraju, E.P. Raman and A.D. MacKerell. 2014. ...
نمایش کامل مراجع