اهمیت همبستگی ژنتیکی و رکورد فنوتیپی بر صحت ژنومی داده های شبیه سازی شده با استفاده از مدل های حاوی اثرات متقابل ژنوتیپ و محیط

هدف این تحقیق بررسی نقش همبستگی ژنتیکی بین جمعیت مرجع و تایید و همچنین اثر وراثت پذیری جمعیت مرجع بر صحت ژنومی جمعیت تایید با نسبت های مختلف رکورد فنوتیپی، با استفاده از مدل های حیوانی دارای اثرات متقابل ژنوتیپ و محیط (G E) از طریق شبیه سازی داده های ژنومی جانهی بود. بدین منظور، چهار سناریو متفاوت برای سطوح مختلف عدم تعادل پیوستگی بالا و پایین) و جایگاههای صفات کمی (90 و 300) با تراکم 15K شبیه سازی شد. بعد از شبیه سازی جمعیت ها، به طور تصادفی اقدام به حذف 50 و 95 درصد نشانگرها نموده و در مرحله بعد نشانگرهای حذف شده از طریق نرم افزار FImpute جانهی شدند. دامنه صحت جانهی بین 0 / 737-941/. بود. عدم تعادل پیوستگی فاکتور اصلی موثر بر صحت جانی بود. با افزایش رکورد فنوتیپی در جمعیت تایید و افزایش تعداد افراد جمعیت مرجع صحت پیش بینی ژنومی افزایش یافت. زمانی که حیوانات بدون رکورد فنوتیپی محیط دوم جمعیت تایید)، با استفاده از اطلاعات ژنومی خویشاوندانشان در محیط سوم (جمعیت مرجع) ارزیابی شدند مقدار صحت پیش بینی ژنومی بالا بود. هنگامی که حیوانات با 75 درصد رکورد فنوتیپی در محیط دوم (جمعیت تایید)، با استفاده از اطلاعات ژنومی خویشاوندانشان در محیط اول و سوم (جمعیت مرجع) ارزیابی شدند بالاترین مقدار صحت پیش بینی ژنومی مشاهده شد.

Keywords:

اطلاعات ژنومی , صحت جانی , عدم تعادل پیوستگی , وراثت پذیری