بررسی و مقایسه وابستگی اتصال مهارکننده ویروس آنفولانزا با ساختارهای کریستالوگرافی و dock شده

امروزه بیماری آنفولانزا در سراسر جهان بسیار شایع است. یکی از عوامل موثر در این ویروس، پروتئین سطحی neuraminidaseاست که باعث خروج ویروس از سلول هدف و بیمار کردن دیگر سلولها میشود. لیگاند در تعامل با پروتئین به صورت مهارکننده عملمی کند یعنی، باعث جلوگیری از پیشرفت بیماری و در نهایت درمان بیماری میشود. در این مطالعه ساختار ترکیبپروتئین (neuraminidase) و لیگاند (oseltamivir) از بانک اطاعاتی استخراجشده و برای مشخص کردن تاثیر docking بر بیشینهنیروی لازم که برای جداشدن لیگاند از پروتئین و زمان مورد نیاز برای جدا شدن لیگاند از پروتئین نیاز است، مقایسه ای بین ترکیبdock شده پس از بهینه سازی لیگاند و ترکیب استخراج شده از بانک اطلاعاتی به کمک روش دینامیک مولکولی هدایت شده در دمای300 درجه کلوین، پس از کمینه کردن انرژی و متعادل سازی انجام شد. در نهایت نتیجه، بیشینه نیروی پایین تر برای ساختار dockشده نسبت به ساختارکریستالوگرافی حاصل شد. وابستگی اتصال کمتر نمونه dock شده نسبت به ساختار کریستالوگرافی مشاهدهشد. در انتها، جداشدن زودتر نمونه dock شده نسبت به ساختار کریستالوگرافی اشعه X رویت شد.

Keywords:

ویروس آنفولانزا , وابستگی اتصال , دینامیک مولکولی هدایت شده , oseltamivir , neuraminidase