بررسی فیلوژنی سویههای سالمونلای جداشده از نمونه های بالینی بیمارستانهای تهران براساس تعیین توالی ژن 23S rRNA

زمینه و هدف: باکتری سالمونلا یکی از مهمترین عوامل گاستروانتریت باکتریایی و بیماریهای ناشی از غذا است. تاکنون بیش از 2500 سرووار از این جنس شناسایی شده که اکثر آنها برای انسان بیماریزا هستند. ساختار فیلوژنی خانواده انتروباکتریاسه براساس توالی 16S rRNA تنوع وسیعی ندارد. بنابراین این ژن به دلیل میزان توالی بالای حفاظتشده در ساختار خود، نمیتواند مشکلات طبقه بندی را در گونه های نزدیک به هم حل کند. به این منظور برای بررسی سویه های سالمونلا، ژن 23S rRNA انتخاب شد که توانایی تفکیک سویه های مرتبط به هم را در سطح زیرگونه دارد. هدف از این مطالعه بررسی قرابت سویه های سالمونلای بالینی با استفاده از توالی ژن 23S rRNA است. مواد و روش کار: DNA نمونه های تاییدشده سالمونلا از بیماران با علایم گوارشی، استخراج و توالی ژن 23S rRNA پس از PCR در آنها تعیین شد. درختچه فیلوژنی براساس روش Neighbor-joining و با نرمافزار MEGA 5.05 5 رسم شد. یافته ها: دو ساختار مارپیچ 25 و 45 در بین اکثر سویه ها با سروتیپ های مختلف دیده شد. در سویه های سالمونلای تیفی تنها ساختار مارپیچ 25 و در بقیه سویه ها مارپیچ 45 مشاهده شد. میزان قرابت سویه های سالمونلا براساس توالی 23S rRNA بین 100-99 درصد بود. نتیجه گیری: نتایج ژن 23S rRNA تمایز بیشتری برای آنالیز در سطح زیرگونه و تفریق سروتیپها نشان میدهد. با توجه به تنوع سروتیپهای سالمونلا براساس تفاوت آنتیژنهای O و H سطحی، لزوم بهکارگیری روشهای نوین مولکولی در این راستا و جایگزینی آن با روشهای سنتی ضروری به نظر میرسد.

Keywords:

سالمونلا , فیلوژنی , تعیین توالی , 23S rRNA