طراحی بیوانفورماتیکی و آنالیز ایمونوژن کایمر علیه اتصال و سمیت باکتری ویبریوکلرا

زمینه و هدف: بیماریهای اسهالی ناشی از باکتریهای رودهای عامل مهم مرگ ومیر در کشورهای در حال توسعه به ویژه در کودکان زیر پنج سال است .واکسنها میتوانند راه حل مهمی برای پیشگیری از این بیماری باشند. فاکتور کلونیزاسیون پیلی )TcpA(، پروتیین غشای خارجی W و توکسینکلرا مهمترین عوامل بیماریزایی ویبریوکلرا هستند و ویژگیهای ایمونوژنیک دارند. در این مطالعه، ایمونوژنی نوترکیب سه گانه متشکل از OMPW, TcpA, CTXB طراحی شد. پروتیین کایمر که دربردارنده اپیتوپهای B-cell و توالی با خاصیت ادجوانتی است ،میتواند به طور بالقوه احتمال بروز پاسخهای ایمنی موثر را افزایش دهد. مواد و روش کار: برای افزایش احتمال بیان پروتیین OTC، کدونهای ژنی و انواع پارامترهای موثر در بیان بهینه شد و تجزیه وتحلیل ترمودینامیکی ساختار mRNA با هدف بررسی پایداری انجام گرفت. همچنین ساختار سوم پروتیین پیشبینی شد، کیفیت ساختارها ارزیابی، و اپیتوپهای خطی و فضایی نیز تعیین شد. یافته ها: پروتیین با ترتیب توالی OTC بیشترین شاخص آنتیژنی را نشان داد. شاخص سازگاری کدون سازه کایمری به 89/0 افزایش یافت. ساختار سوم پیشبینی شده براساس سرور RaptorX کیفیت مناسبی را نشان داد. آنالیز ترمودینامیکی ساختار mRNA نشان داد ساختار پیش بینی شده پایدار است. اپیتوپهای فضایی و خطی در هر سه دومین پروتیین کایمر دیده شد. نتیجه گیری: نتایج نشان داد پروتیین حاصل از این ساختار طراحی شده میتواند در برابر عملکرد اتصال و توکسین باکتری ویبریوکلرا مانند یک ایمونوژن عمل کند.

Keywords:

ویبریوکلرا , کلرا توکسین , TcpA , OMPW طراحی بیوانفوراتیکی , ژن کایمر