تاثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی های ژنگانی

با دسترسی به اطلاعات نشانگرهای تک نوکلئوتیدی (SNP­)، پیش­بینی شایستگی ژنتیکی افراد بدون اطلاعات پدیدگانی (فنوتیپی) با استفاده از ارزیابی ژنگانی (ژنومی) امکان­پذیر شده است. لیکن، استفاده از تراشه (چیپ) های متراکم برای ارزیابی همه افراد جمعیت مقرون به صرفه نیست. برای دستیابی به بیشترین بازدهی در بررسی های ژنگانی می­توان گروهی از حیوان ها را با تراشه­های با تراکم بالا و دیگر افراد را با تراشه­های کم­تراکم تعیین نژادگان­ (ژنوتیپ) کرد، سپس آن ها را به تراکم بالا اسناد (ایمپیوت) کرد. در این بررسی، تاثیر سه تراشه کم­تراکم (1k، 2k و 4k)، اسناد شده به تراکم بالای 10k و رابطه ­خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیت­های تایید بر درستی ارزیابی ژنگانی و نیز همبستگی ارزش­های اصلاحی برآورد­شده در تراشه­های مختلف با استفاده از داده همانند سازی­شده، بررسی شد. برای ساختن تراشه­های کم­تراکم، 10، 20 و 40 درصد از نشانگرهای 10k به صورت تصادفی انتخاب شدند. اسناد کردن (ایمپیوتیشن) با استفاده از نرم­افزار FImpute صورت گرفت. به طورکلی با افزایش تراکم نشانگری، همبستگی بین ارزش­های اصلاحی برآورد­شده به دست آمده از تراشه­های مختلف افزایش پیدا کرد. به گونه ای که، درستی ارزیابی ژنگانی تراشه کم­تراکم 4k و تراشه متراکم 10k همسان بودند. همچنین پس از اسناد کردن نژادگان­های تراشه 4k به 10k، تفاوتی بین درستی ارزیابی­های ژنگانی ایجاد نشد. با افزایش فاصله جمعیت مرجع و جمعیت­های تایید، درستی اسناد کردن کاهش یافت.

Keywords:

رابطه خویشاوندی , نشانگر , همانند سازی