مقایسه روش های PCA و DAPC در تجزیه وتحلیل ساختار جمعیتی گاومیش های ایران با تراشه های اسنیپ 90k
Publish place: IRANIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE، Vol: 48، Issue: 2
Publish Year: 1396
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 449
This Paper With 9 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJAS-48-2_001
تاریخ نمایه سازی: 6 خرداد 1399
Abstract:
اطلاع از ساختار ژنتیکی جمعیت دام ها در راستای اجرای بهتر برنامههای اصلاح نژادی و حفظ ذخایر ژنتیکی آن ها بسیار ارزشمند است. داده های ژنگانی (ژنومی) فرصتی برای حل پیچیدگی تاریخچه تکاملی جمعیتها و بازسازی رویدادهای تاریخی نادر، را فراهم میآورند. در این پژوهش برای ارزیابی ساختار جمعیتی گاومیش های ایران روش های تجزیه وتحلیل مولفه های اصلی (PCA) و تجزیه وتحلیل جداسازی مولفه های اصلی (DAPC) اجرا شد. از شمار 404 گاومیش از سه نژاد شمالی، آذری و خوزستانی خون گیری شد و تعیین ژنوتیپ با تراشه های اسنیپ 90k توسط شرکت پادانو در کشور ایتالیا انجام شد. نتایج به دست آمده از تجزیه مولفههای اصلی و تجزیه جداسازی مولفههای اصلی، جداسازی سه نژاد را به خوبی نشان داد و هر دو تصویر آشکاری از ساختار ژنتیکی جمعیت های مورد بررسی را نشان دادند. در روش DAPC، برای ارزیابی شمار بهینه خوشه با معیار ارزیابی BIC، K=3 بهترین نتیجه را نشان داد. نتایج اعتبارسنجی متقابل برای نگه داشتن شمار مولفه اصلی بهینه برای تجزیه وتحلیل تشخیصی، 50 مولفه اول MSE کمتری نسبت به مولفههای دیگر داشت. در این بررسی روش DAPC احتمال عضویت افراد جمعیت ها را با درستی 100 درصد پیش بینی کرد ولی روش PCA قادر به ارزیابی گروه ها نبوده و برای به دست آوردن تصویر روشن از واریانس بین جمعیت ها DAPC مناسب تر از PCA عمل میکند. روش DAPC در بررسی ساختار جمعیتی نسبت به روش PCA به دلیل افزایش واریانس بین گروهها و کاهش واریانس درون گروهها و همچنین ارائه تصویر آشکاری از ساختار جمعیتی کارآمد بود و میتواند در کنترل کیفیت و تصحیح لایه بندی جمعیتی در بررسی های ارتباطی جایگزینی برای PCA باشد.
Keywords:
Authors
زهرا عزیزی
دانشجوی سابق دکتری ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
حسین مرادی شهر بابک
استادیار گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
محمد مرادی شهر بابک
استاد گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :