ارزیابی صحت ارزش های اصلاحی ژنومی برخی صفات اقتصادی جمعیت گاوهای هلشتاین ایران با استفاده از SNP ها و بلوک های هاپلوتایپی

بهزاد رجبی مرند; حسین مرادی شهربابک; مصطفی صادقی; رستم عبدالهی آرپناهی

ارزیابی صحت ارزش های اصلاحی ژنومی برخی صفات اقتصادی جمعیت گاوهای هلشتاین ایران با استفاده از SNP ها و بلوک های هاپلوتایپی

Publish place: Journal of Animal Production، Vol: 21، Issue: 4

Publish Year: 1398

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 12 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/1017395

Document National Code:

JR_JAP-21-4_001

Index date: 31 May 2020

ارزیابی صحت ارزش های اصلاحی ژنومی برخی صفات اقتصادی جمعیت گاوهای هلشتاین ایران با استفاده از SNP ها و بلوک های هاپلوتایپی abstract

هدف پژوهش حاضر، بررسی صحت ارزش های اصلاحی ژنومی (GEBV) بدست آمده برای دو صفت اقتصادی مهم تولید شیر و امتیاز سلول های بدنی با استفاده از SNPها و بلوک های هاپلوتایپی مبتنی بر LD به کمک دو روش آماری GBULP و بیز B بود. اطلاعات ژنوتیپی مربوط به 1654راس گاو نر که با استفاده از تراشه هایی با تراکم های مختلف تعیین ژنوتیپ شده بودند مورد استفاده قرار گرفت. صحت ارزش های اصلاحی بدست آمده هنگام استفاده از SNPها حاکی از برتری بیز B نسبت به GBLUP بود، به طوری که برای صفت تولید شیر و امتیاز سلول های بدنی صحت ارزیابی ها با استفاده از GBLUP به ترتیب برابر 54/3 و 43/7 درصد و برای روش بیز Bبه ترتیب برابر 57/7 و 44/2 درصد بود. برای صفت تولید شیر، صحت پیش بینی های حاصل با استفاده از بلوک های هاپلوتایپی در هر دو روش آماری، بالاتر از صحت حاصل هنگام استفاده از SNPها بود در حالی که برای صفت امتیاز سلول های بدنی، این افزایش صحت، زمانی که از روش آماری GBLUP استفاده شد مشهود بود ولی هنگام استفاده از روش بیز B این برتری تنها زمانی بدست آمد که مقدار آماره 2r مورد استفاده برای تشکیل بلوک ها بالاتر از 0/2 بود. نتایج نشان داد که سطح بهینه آماره2r برای تشکیل بلوک های هاپلوتایپی بستگی به نوع صفت و وراثت پذیری آن دارد ولی در مجموع، استفاده از آماره2r بیشتر از0/2جهت تشکیل بلوک های هاپلوتایپی، می تواند منجر به افزایش صحت ارزش های اصلاحی ژنومی در هر دو صفت در مقایسه با استفاده از SNPها شود.

ارزیابی صحت ارزش های اصلاحی ژنومی برخی صفات اقتصادی جمعیت گاوهای هلشتاین ایران با استفاده از SNP ها و بلوک های هاپلوتایپی Keywords:

انتخاب ژنومی , بلوک های هاپلوتایپی مبتنی بر LD , صحت پیش بینی , عدم تعادل پیوستگی , نشانگرهای SNP

ارزیابی صحت ارزش های اصلاحی ژنومی برخی صفات اقتصادی جمعیت گاوهای هلشتاین ایران با استفاده از SNP ها و بلوک های هاپلوتایپی authors

بهزاد رجبی مرند

دانشجوی دکتری،پردیس کشاورزی و منابع طبعیی، دانشگاه تهران

حسین مرادی شهربابک

استادیار، پردیس کشاورزی و منابع طبعیی، دانشگاه تهران، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک مولکولی/ بحث ژنومیک

مصطفی صادقی

دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه تهران - تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک مولکولی

رستم عبدالهی آرپناهی

استادیار دانشگاه تهران، پردیس ابوریحان، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک کمی/ انتخاب ژنومیک

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

Ali AKA, Shook GE (1980) An optimum transformation for somatic cell ...

Barrett J, Fry B, Maller J and Daly M (2004) Haploview ...

Boichard D, Guillaume F, Baur A, Croiseau P, Rossignol MN, Boscher ...

Calus MPL, De Roos APW and Veerkamp RF (2008) Accuracy of ...

Curtis D, North BV, Sham PC (2001) Use of an artificial ...

Cuyabano, B.C., Su, G. and Lund, M.S (2014) Genomic prediction of ...

haplotypes in the Nordic Holstein population. BMC genomics 15(1): 1171. ...

Daetwyler HD, Calus MPL, Pong-Wong R, De Los Campos G and ...

De los Campos G and Perez PR (2012) Bayesian Generalized Linear ...

Gabriel SB, Schaffner SF, Nguyen H, Moore JM, Roy J, Blumenstiel ...

M, Lochner A, Faggart M and Liu-Cordero SN (2002) The structure ...

Goddard ME, Hayes BJ and Meuwissen TH (2010) Genomic selection in ...

Hill WG and Robertson A (1968) Linkage disequilibrium in finite populations. ...

Hotelling H (1940) The selection of variates for use in predictions ...

the problem of nuisance parameters. AnnMath Stat 11: 271-283. ...

McRae AF, McEwan JC, Dodds JC, Wilson T, Crawford AM, Slate ...

Meuwissen TH, Hayes BJ and Goddard ME (2001) Prediction of total ...

Mohammadi Y, Shariati MM, Zerehdaran S, Razmkabir M, Sayyadnejhad MB and ...

Purcell S, Neale B, Todd-Brown K, Thomas L, Ferreira MAR and ...

Sargolzaei M, Schenkel FS, Jansen JB and Schaeffer LR (2008) Extent ...

Sargolzaei M, Chesnais JP and Schenkel FS (2014) A new approach ...

Schrooten C, Schopen GCB, Parker A, Medley A and Beatson ...

based on bovine high density genotypes and phenotypes of bulls and ...

VanRaden PM, Van Tassell CP, Wiggans GR, Sonstegard TS, Schnabel RD, ...

VanRaden PM (2008) Efficient methods to compute genomic predictions. Journal of ...

Villumsen TM, Janss L and Lund MS (2008) The importance of ...

Yang J, Benyamin B, McEvoy BP, Gordon S, Henders AK, Nyholt ...

نمایش کامل مراجع