همسانهسازی و بررسی بیوانفورماتیکی توالی رمزگردان (CDS) ژن دلتا ۶ دسچوراز از قارچ مورتیرلا آلپینا سویه CBS ۷۵۴.۶۸
Publish place: Biological Journal of Microorganisms، Vol: 7، Issue: 26
Publish Year: 1397
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 239
This Paper With 14 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_BJM-7-26_009
تاریخ نمایه سازی: 19 اردیبهشت 1400
Abstract:
مقدمه: دسچورازهای غشایی و آنزیمهای وابسته به آنها نقشی اساسی در بیوسنتز اسیدهای چرب غیراشباع ایفا میکنند. دلتا ۶ دسچوراز، آنزیمی کلیدی در بیوسنتز اسیدهای چرب غیراشباع است. قارچ مورتیرلا آلپینا، گونهای روغنی و دارای دلتا ۶ دسچوراز فعال است و در سالهای اخیر مورد توجه پژوهشگران قرارگرفته است. مواد و روشها: پس از استخراج RNA و سنتز cDNA از قارچ مورتیرلا آلپینا سویه CBS ۷۵۴.۶۸، ژن دلتا ۶ دسچوراز توسط آغازگرهای اختصاصی حاوی توالی کوزاک تکثیر و قطعه تکثیرشده در ناقل همسانهسازی pBlueScriptSK+ حاوی پروموتور اختصاصی بذر ناپین درج شد. پلاسمید نوترکیب با استفاده از روش شیمیایی به باکتری اشریشیا کلی سویه DH۵α ترانسفورم شد. سازه حاصل در ناقل دوگانه pBI۱۲۱ همسانهسازی و برای انتقال به گیاه، به آگروباکتریوم سویه LBA۴۴۰۴ ترانسفورم شد. ویژگیهای بیوانفورماتیکی ژن موردنظر با سرورهای TMHMM، ProtParam و Psipred بررسی شد. نتایج: درستی همسانهسازی با استفاده از واکنش زنجیرهای پلیمراز توسط آغازگرهای اختصاصی، هضم آنزیمی و توالییابی تایید شد. تکثیر قطعه ۸۳۰ جفت نوکلئوتیدی با استفاده از آغازگر داخلی پروموتور ناپین و ژن دلتا ۶ دسچوراز، الحاق ژن در امتداد پروموتور ناپین را تایید کرد. نتایج توالییابی نوکلئوتیدی نشان دادند که توالی نوکلئوتیدی این ژن، ۱۳۷۴ جفت باز است و پروتئینی با ۴۵۷ آمینواسید را رمز میکند. وجود دمین سیتوکروم b۵، سه موتیف جعبه هیستیدین، دمینهای تراغشایی و حفاظتشده از طریق بررسی بیوانفورماتیک تایید شدند. بحث و نتیجهگیری: با استناد به نتایج بلاست پروتئینی و تایید حضور دمینهای کارکردی، پیشبینی میشود که توالی همسانهسازیشده از این قارچ دارای فعالیت آنزیمی مدنظر است. تایید این نتایج به بررسی بیان این ژن در سیستم گیاهی مناسب و بررسی کارکرد آن در سطح آنزیمی نیازمند است.
Keywords:
Authors
عصمت اشعارقدیم
کارشناس ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشگاه صنعتی شاهرود، شاهرود، ایران
شاهرخ قرنجیک
استادیار ژنتیک مولکولی و مهندسی ژنتیک، دانشگاه صنعتی شاهرود، شاهرود، ایران
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :