آنالیز بیوانفورماتیکی تاثیر Linalool تشنه داری(Scrophularia striata) بر پروتئین VacA هلیکوباکتر پیلوری

Publish Year: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 338

This Paper With 15 Page And PDF Format Ready To Download

  • Certificate
  • من نویسنده این مقاله هستم

این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این Paper:

شناسه ملی سند علمی:

JR_SHIMU-29-1_006

تاریخ نمایه سازی: 20 تیر 1400

Abstract:

مقدمه: برخی گیاهان ازجمله تشنه­داری، به طور سنتی در میان مردم زاگرس نشین، به عنوان التیام بخش عفونت و زخم استفاده می­شده است. در تحقیقات پیشین، اثر التیام بخشی عصاره آبی و هیدروالکلی آن بر استرس اکسیداتیو و درمان زخم معده ناشی از اتانول در موش صحرایی تائید شده است. بر اساس این، هدف از تحقیق حاضر، آنالیز بیوانفورماتیکی تاثیر Linalool (یکی از بیشترین اجزای تشنه­داری) بر مهار پروتئین VacA هلیکوباکتر پیلوری است. مواد و روش ها: توالی­های DNA و پروتئینی Linalool گیاه آرابیدوپسیس و توالی ژن VacA هلیکوباکتر پیلوری از سراچه NCBI تهیه شد. میزان هم ردیفی توالی های DNA و پروتئینی Linalool و VacA توسط نرم افزار Clustalw vol.۲  بررسی و موتیف­های حفاظت شده با استفاده از برنامه MEME جستجو گردید. درخت فیلوژنی به وسیله نرم­افزار MEGA vol.۵ ترسیم شد. برای تعیین ساختار سوم و همچنین داکینگ مولکولی بر اساس همولوژی، توسط نرم افزار Swiss-Model و ESYPred۳D و همچنین Galaxy Web صورت گرفت. یافته های پژوهش: پروتئین های لینالول گزارش شده در سراچه NCBI، در بیشتر گیاهان، سه موتیف حفاظت شده (در محدوده ۱۰۰ تا ۳۰۰ اسید آمینه) دارد. پروتئین VacA هر سه نوع دومین سیتوپلاسمی، غشایی و کینازی را داراست. بهترین الگوی داکینگ مولکولی بر اساس بیشترین اثر متقابل میان پروتئین لینالول و پروتئین VacA (۰/۲۱) و بیشترین دقت (۱۳۳/۰) انتخاب شد. نتایج نشان داد که در ساختار هر دو پروتئین لینالول و VacA، گروه های گوناگونی ازجمله گروه های آلیفاتیک (چربی)، قطبی و آب دوست داشت. حضور چربی و آب دوست بودن در پروتئین VacA، به آن این قابلیت را می دهد که بتواند در صورت تجزیه نشدن، توسط سلولی های لنفوسیت، به راحتی از غشای سلول ها عبور کند و سبب بیماری زایی شود. از سویی، حضور همین گروه ها در لینالول نیز عاملی است که توانسته است پروتئین VacA را مهار کند. بحث و نتیجه گیری: آنالیز بیوانفورماتیکی نشان داد که لینالول سبب از میان بردن آثار هلیکوباکتر پیلوری می­شود؛ همچنین نتایج پژوهش حاضر می تواند به عنوان پایه ای برای تحقیقات آینده، برای ارزیابی تاثیر تک­تک مواد موثر تشنه­داری به ویژه لینالول، بر باکتری هلیکوباکتر پیلوری استفاده شوند.

Authors

بهمن فاضلی نسب

۱Research Department of Agronomy and Plant Breeding, Agricultural Research Institute, University of Zabol, Zabol, Iran, ZIP; ۹۸۶۱۳۳۵۸۵۶, TellFax; +۹۸-۵۴۳۲۲۴۰۶۹۶

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
  • Signal V, Gurney J, Inns S, McLeod M, Sika-Paotonu D, ...
  • De Bruyne E, Ducatelle R, Foss D, Sanchez M, Joosten ...
  • Mehrabi A-A, Fazeli-Nasab B. In vitro culture of Allium scorodoprasum ...
  • Fazeli-Nasab B. The effect of explant, BAP and ۲,۴-D on ...
  • Rezaei-Nasab M, Komeili G, Fazeli-Nasab B. Gastroprotective effects of aqueous ...
  • Fazeli-Nasab B. Biological Evaluation of Coronaviruses and the Study of ...
  • Amiri H, H. L-Y, Esmaeili A, Samsamnia F, Eghbali D, ...
  • Shoohani B, Hemati AA, Taheri Moghadam M. Effects of Scrophularia ...
  • Babri S, Doosti MH, Fatehi L, Salari AA. The effects ...
  • Azadmehr A, Alizadeh-Oghyanous K, Hajiaghaee R, Amirghofran Z, Azadbakht M. ...
  • Azhdari-Zarmehri H, Nazemi S, Ghasemi E, Musavi Z, Tahmasebi Z, ...
  • Havasyan M, Panahi J, Pakzad A, Davoudian A, Jalilian A, ...
  • Tandon M, Srivastava R, Nagpal R, Khosla P, Singh J. ...
  • Samini M, Dehpour A, Babazadeh K. Study of efffect of ...
  • Bailey TL, Gribskov M. Combining evidence using p-values: application to ...
  • Bas E, Recio MC, Máñez S, Giner RM, Escandell JM, ...
  • Stevenson PC, Simmonds MS, Sampson J, Houghton PJ, Grice P. ...
  • Mortimer P, Burnand K, Champion R, Burton J, Burns D, ...
  • Diaz AMa, Abad MaJ, Fernández L, Silván AM, De Santos ...
  • Fernández MA, Garcia M, Saenz M. Antibacterial activity of the ...
  • Giner R-Ma, Villalba Ma-L, Recio Ma-C, Máñez S, Cerdá-Nicolás M, ...
  • Moezzi N, Varzi H, Shirali S. Comparing the effect of ...
  • Shakibaie D, Pasharavesh L, Khoshboo S, Kaboodi B. The Effect ...
  • Hafezi F, Elmirad H, Pedram MS. Determination of the Macroscopic ...
  • Pakbaz Z, Shirazi MH, Pourman MR, Ranjbar R, Hoseini M, ...
  • نمایش کامل مراجع