آنالیز بیوانفورماتیکی تاثیر Linalool تشنه داری(Scrophularia striata) بر پروتئین VacA هلیکوباکتر پیلوری
Publish Year: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 338
This Paper With 15 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_SHIMU-29-1_006
تاریخ نمایه سازی: 20 تیر 1400
Abstract:
مقدمه: برخی گیاهان ازجمله تشنهداری، به طور سنتی در میان مردم زاگرس نشین، به عنوان التیام بخش عفونت و زخم استفاده میشده است. در تحقیقات پیشین، اثر التیام بخشی عصاره آبی و هیدروالکلی آن بر استرس اکسیداتیو و درمان زخم معده ناشی از اتانول در موش صحرایی تائید شده است. بر اساس این، هدف از تحقیق حاضر، آنالیز بیوانفورماتیکی تاثیر Linalool (یکی از بیشترین اجزای تشنهداری) بر مهار پروتئین VacA هلیکوباکتر پیلوری است.
مواد و روش ها: توالیهای DNA و پروتئینی Linalool گیاه آرابیدوپسیس و توالی ژن VacA هلیکوباکتر پیلوری از سراچه NCBI تهیه شد. میزان هم ردیفی توالی های DNA و پروتئینی Linalool و VacA توسط نرم افزار Clustalw vol.۲ بررسی و موتیفهای حفاظت شده با استفاده از برنامه MEME جستجو گردید. درخت فیلوژنی به وسیله نرمافزار MEGA vol.۵ ترسیم شد. برای تعیین ساختار سوم و همچنین داکینگ مولکولی بر اساس همولوژی، توسط نرم افزار Swiss-Model و ESYPred۳D و همچنین Galaxy Web صورت گرفت.
یافته های پژوهش: پروتئین های لینالول گزارش شده در سراچه NCBI، در بیشتر گیاهان، سه موتیف حفاظت شده (در محدوده ۱۰۰ تا ۳۰۰ اسید آمینه) دارد. پروتئین VacA هر سه نوع دومین سیتوپلاسمی، غشایی و کینازی را داراست. بهترین الگوی داکینگ مولکولی بر اساس بیشترین اثر متقابل میان پروتئین لینالول و پروتئین VacA (۰/۲۱) و بیشترین دقت (۱۳۳/۰) انتخاب شد. نتایج نشان داد که در ساختار هر دو پروتئین لینالول و VacA، گروه های گوناگونی ازجمله گروه های آلیفاتیک (چربی)، قطبی و آب دوست داشت. حضور چربی و آب دوست بودن در پروتئین VacA، به آن این قابلیت را می دهد که بتواند در صورت تجزیه نشدن، توسط سلولی های لنفوسیت، به راحتی از غشای سلول ها عبور کند و سبب بیماری زایی شود. از سویی، حضور همین گروه ها در لینالول نیز عاملی است که توانسته است پروتئین VacA را مهار کند.
بحث و نتیجه گیری: آنالیز بیوانفورماتیکی نشان داد که لینالول سبب از میان بردن آثار هلیکوباکتر پیلوری میشود؛ همچنین نتایج پژوهش حاضر می تواند به عنوان پایه ای برای تحقیقات آینده، برای ارزیابی تاثیر تکتک مواد موثر تشنهداری به ویژه لینالول، بر باکتری هلیکوباکتر پیلوری استفاده شوند.
Keywords:
Authors
بهمن فاضلی نسب
۱Research Department of Agronomy and Plant Breeding, Agricultural Research Institute, University of Zabol, Zabol, Iran, ZIP; ۹۸۶۱۳۳۵۸۵۶, TellFax; +۹۸-۵۴۳۲۲۴۰۶۹۶
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :