کاوش ژنومی برای ردیابی نشانه های انتخاب در اسب نژاد ترکمن

     انتخاب در جهت افزایش فراوانی جهش­های جدیدی که در برخی از جمعیت­ها مفید هستند باعث به جا گذاشتن نشانه­هایی در سطح ژنوم می­شوند. از آنجایی که این مناطق غالبا صفات مهم اقتصادی را کنترل می­نمایند، در نتیجه شناسایی و ردیابی این مناطق از موضوعات مهم در مباحث ژنتیک حیوانی به حساب می­آید. هدف از انجام این تحقیق ردیابی نشانه­های انتخاب در سطح ژنوم در جمعیت اسب نژاد ترکمن با استفاده از ۷۰۰۰۰ نشانگر SNP بود. تعداد ۲۳ راس اسب نژاد ترکمن از مناطق مختلف گنبد کاووس انتخاب، بعد از خون­گیری و استخراج DNA، تعیین ژنوتیپ شدند. جهت جستجوی نشانه­های انتخاب از آزمون­های مبتنی بر عدم تعادل پیوستگی (LD) شامل آزمون EHH  (هموزیگوسیتی هاپلوتیپی بسط داده شده) و iHS (رتبه­بندی هاپلوتایپ یکپارچه) استفاده شد. برای شناسایی مناطقی از ژنوم که دارای بیشترین نشانه­های انتخاب بودند از آماره iHS استفاده شد و در نهایت ۶ منطقه ژنومی که در صدک ۹/۹۹ % کل ارزش­های iHS قرار داشتند به­عنوان مناطق کاندیدای نشانه انتخاب، انتخاب شدند. این مناطق در کروموزوم­های ۵، ۴، ۷، ۸، ۹ و ۱۰ قرار داشتند. نتایج آماره EHH به همراه بررسی دیاگرام ­های شاخه­ بندی هاپلوتیپی وجود نشانه ­های انتخاب در این مناطق ژنومی را تایید کرد. براساس نتایج حاصله از آماره EHH در برخی از جایگاه­ها فرسایش LD با سرعت بیشتر (کروموزوم ۷، ۹ و ۱۰) و در برخی جایگاه­ها به کندی (۴، ۵ و ۸) اتفاق افتاده است به­ طوریکه آلل­های موجود روی کروموزوم­ های ۴،۵ و ۸ دامنه طولانی از LD داشته و فراوانی آنها به ترتیب برابر با ۴۳، ۵۲ و ۳۷ درصد بودند. بنابراین، این مناطق از ژنوم اسب ترکمن احتمالا هدف انتخاب مثبت بوده است.

Keywords:

Genomic scan , Positive selection , Signals of selection , Turkmen horse , انتخاب مثبت , کاوش ژنومی , نشانه های انتخاب , اسب ترکمن