شناسایی RNA های غیرکدکننده کوتاه عملکردی با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی در گوسفند و بز
Publish place: Research on Animal Production، Vol: 8، Issue: 15
Publish Year: 1396
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 312
This Paper With 10 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_RAP-8-15_021
تاریخ نمایه سازی: 17 مهر 1400
Abstract:
microRNAها، RNAهای غیرکدکنندهای هستند که در تنظیمات پس از رونویسی نقشهای مهمی را بازی میکنند. آنها بیان ژنها را بهوسیله مسیرهای تداخلی RNA، از طریق برش یا مهار ترجمه mRNA هدف تنظیم میکنند. نقشهای مهمی برای miRNAها در روند تکاملی حیوانات مختلف گزارش شده است، اما اطلاعات محدودی در مورد miRNAهای گوسفند و بز وجود دارد. گوسفند و بز مدلی مناسب برای مطالعات ژنومیک مقایسهای و بیولوژیکی در نشخوارکنندگان هستند. شناساییmiRNA ها برای درک مکانیسم بیولوژیکی آنها بسیار حیاتی است. روشهای شناسایی محاسباتی، روشهای آزمایشگاهی را برای شناسایی سریعتر RNAهای غیرکدکننده در ژنومهای جدید، که اغلب تحت شرایط ویژه در انواع مختلفی از سلولها نسخه برداری میشوند را تکمیل میکنند. اخیرا روشهای یادگیری ماشین برای پیشبینی ژنهای miRNA جدید استفاده میشود. در این پژوهش یک طبقهبندیکننده جدید بر اساس SVM معرفی شد. این طبقهبندیکننده دقت بالا، حساسیت متعادل و اختصاصیت برای مجموعه داده miRNA را نشان میدهد که ابزاری ایدهآل، برای شناسایی miRNAها در دادههای ترانسکریپتوم محسوب میشود. ما در این پژوهش یک زیرمجموعه از ویژگیهای بهینه شامل ۲۰ ویژگی را با استفاده از ماشین بردار پشتیبان (SVM) ایجاد کردیم. سپس با استفاده از برنامه C#، ویژگیهای استخراج شده برای دادههای آموزشی محاسبه شد. در این پژوهش، مدل هوشمند ماشین بردار پشتیبان با کرنل RBF و الگوریتم یادگیری SMO بهترین دسته بندی کننده برای پیش بینی ژن های microRNA در گوسفند و بز معرفی شد. حساسیت و اختصاصیت این مدل به ترتیب ۸۸ و ۸۵ درصد به دست آمد. سپس یک روش محاسباتی بر اساس آنالیز EST برای تشخیص miRNAهای بالغ گوسفند و بز مورد استفاده قرار گرفت. در کروموزوم یک گوسفند، ۲۳ کاندید miRNA و در بز ۱۵ miRNA از جستجوی همسانی شناسایی شد. نتایج نشان داد که مدل مورد استفاده ما میتواند دقت بالایی در شناسایی miRNAهای گوسفند و بز ارائه دهد و نیز اطلاعات مفیدی را در زمینه عملکرد بیولوژیکی آنها در گونههای نشخوارکنندگان فراهم آورد.
Keywords:
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :