نشانگرهای اختصاصی در سطح گونه جهت شناسای ژنوتیپ های موردمطالعه ITS

زرشک بیدانه به عنوان یک محصول اقتصادی سهم عمده ای در اقتصاد کشاورزی منطقه جنوب خراسان دارد. در سالهای اخیر استفاده از توالی نواحی rDNA ITS برای شناسایی گونه های گیاهی و تعیین بار کدینگ آنها افزایش یافته است. تحقیق حاضر باهدف بررسی کارائی توالی نواحی rDNA ITS در بارکد گذاری ۱۹ نمونه جمع آوری شده زرشک از پژوهشکده علوم و صنایع غذایی مشهد، شهرستان اسفراین و شاهرود انجام پذیرفت. نمونه ها در آزمایشگاه دانشکده کشاورزی شاهرود با استفاده از پرایمر اختصاصیITS۲ زرشک تکثیر و برای توالی یابی ارسال گردید. پس از توالی یابی تجزیه وتحلیل فیلوژنی آنها با استفاده از نرم افزار MEGA X و آنالیز آن به روش UPGMA انجام شد. توالی ها در پایگاهداده NCBI ثبت گردید و میزان شباهت این توالیها با عملیات بلاست با سایر گونه ها مشخص گردید و دندروگرام بر اساس میزان مشابهت با سایر گونه ها در پایگاهداده NCBI رسم گردید. نتایج نشان داد فاصله ژنتیکی در میان نمونه های مورد بررسی از ۰/۰۱۲ تا ۰/۱۵۴ متغیر بود. باتوجه به شباهت توالیها تنها امکان تهیه سه جفت پرایمر اختصاصی به نامهای R۱۴N۲، R۹N۳ و B.th فراهم گردید. سه جفت پرایمر طراحی، و بر روی ۱۹ نمونه گونه گیاهی بکار گرفته شد. پرایمر R۱۴N۲ به طور اختصاصی توانست ژنوتیب R۱۴N۲ را تکثیر نماید ولی پرایمرهای R۹N۳ و B.th باند اختصاصی نداشتند.

Keywords:

زرشک , توالی یابی ناحیه ITS , بارکد گذاری DNA , پایگاه داده NCBI