بررسی تراکم چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (اسنیپ) موثر بر دنبه گوسفند

نژادهای مختلفی از گوسفندان با فنوتیپ مختلف از نظر دنبه، در اثر انتخاب طبیعی و مصنوعی پس از اهلی شدن گوسفند ایجاد شدهاند. هدف این پژوهش، یافتن بخشهای مختلف ژنوم گوسفند که بر تشکیل دنبه موثرند میباشد. از تراشه های ۵۰K اسنیپ شرکت ایلومینا برای تعیین ژنوتیپ گوسفندان موجود در فاز اول پروژه هپ مپ استفاده شد. فنوتیپ گوسفندان بر اساس بود و نبود دنبه به صورت ۰ و ۱ کدگذاری شد. رگرسیون خطی برای پی بردن به اسنیپ های موثر بر فنوتیپ به کار گرفته شد و نتایج به صورت -Log Pvalue در قالب نمودار منهتن ارائه شد. با تصحیح بنفرونی سطح ۰,۰۰۰۰۰۱ بعنوان سطح معنی داری تعیین شد. تصحیح ساختاری انجام نشد تا تمامی اسنیپ های موثر ولی با اندازه کم بر اساس مدل بینهایت لوکوس با اثر کم دیده شوند. یافته های پژوهش حاکی از آن است که کروموزوم های یک، دو و سه بیشترین اسنیپ موثر بر تشکیل دنبه را داشته اند. اسنیپ های s۰۳۶۸۶,۱ در کروموزوم ۲۵ و اسنیپ OARX_۶۳۵۷۱۷۸۹.۱ در کروموزوم ۲۷ تاثیر بیشتری در ایجاد دنبه داشته اند. نتایج این پژوهش می تواند به اصلاح گران برای کنترل اندازه دنبه و به متخصصین پزشکی برای درک مکانیسم رسوب چربی در بدن انسان کمک کند.

Keywords:

دنبه , اسنیپ , ایلومینا , پروژه هپ مپ