تجزیه و تحلیل پروفایل بیان ایزو فرم های ژن های مرتبط با باقیمانده خوراک مصرف شده در کبد مرغ بومی اصفهان و مرغ سویه راس با استفاده از داده های RNA-Seq

باقیمانده خوراک مصرف شده (RFI) تفاوت بین مقدار واقعی خوراک مصرف شده با مقدار مورد انتظار آن در هر دام می باشد. انتخاب برای بهبود بازده خوراک دام از طریق RFI به دلیل استقلال فنوتیپی آن از وزن متابولیکی بدن و افزایش وزن بدن پیشنهاد شده است. جهت کشف ارتباط بین ساختار بیان ژن ها و ایزو فرم های مرتبط با آن ها و همچنین نقش تنظیمی آن ها در باقیمانده خوراک مصرف شده در مرغ، پروفایل ترانسکریپت های کبد در سن ۴۲ روزگی در دو گروه مرغان بومی اصفهان و مرغان سویه راس مورد بررسی قرار گرفت. باقیمانده خوراک مصرف شده جوجه های بومی اصفهان و سویه راس به ترتیب(+۱۳.۴۳۰±۵.۳۹۳ g/day)  و(-۱۱.۲۱۲±۴.۴۳۵g/day)  بود. آنالیز تفرقی بیان با استفاده از بسته نرم افزاری Cuffdiff (v۲.۲.۱) برای بیش از ۴۵۰۷۰ ایزو فرم مربوط به ۱۹۰۰۳ ژن انجام شد. طبقه بندی ایزو فرم های بر اساس نتایج Cuffcompare تعداد ۱۶۱۲۱ ایزو فرم در مرغ بومی اصفهان کاهش بیان نشان دادند و ۲۸۹۴۹ ایزو فرم افزایش بیان نشان دادند. از کل ایزو فرم های شناسایی شده ۲۱۰۸۱ ایزو فرم جدید بودند. ۲۰۶ ایزو فرم تغییر بیان یافته بین مرغ سویه راس و مرغ بومی اصفهان شناسایی شد. از بین این ایزو فرم ها، در مرغ بومی اصفهان نسبت به مرغ سویه راس، تعداد ۱۲۶ ایزو فرم مربوط به ۹۹ ژن کاهش و ۸۰ ایزو فرم مربوط به ۵۵ ژن، افزایش بیان نشان دادند. نتایج تجزیه و تحلیل عملکردی ژن ها نشان داد ایزو فرم های کاهش بیان یافته ی گونه بومی عمدتا در فرآیندهای زیستی مختلف ازجمله واکنش دهی به استرس، پاسخ به ترکیب حاوی اکسیژن، واکنش دهی به چربی، توسعه ارگان های حیوان، واکنش دهی به مواد مغذی، واکنش دهی به سیتوکین ها، پاسخ به سطوح تغذیه، فرآیند بیوسنتز مولکول های تکی، فرآیندهای بیوسنتز چربی ها و فرآیندهای تنظیم ارگانیزم های چندگانه نقش داشتند. شناسایی ژن های اختلاف بیان یافته و ایزو فرم های آن ها بین جوجه های دو نژاد منجر به شناسایی ژن های کاندید مهم برای برنامه های به نژادی، ازجمله RSAD۲، IL۱۵، EGR۱ و DUSP۱۶ شد. این ژن ها می توانند با باقیمانده بالاتر نژاد بومی مرتبط باشند.

Keywords:

ایزو فرم , باقیمانده خوراک مصرف شده , مرغ , RNA-seq