بررسی عملکرد الگوریتم هوشمند تجزیه مقدار تکین (SVD) در بازیابی ژنوتیپ های از دست رفته در سناریوهای مختلف از تعداد نشانگر، اندازه جمعیت و فراوانی آلل نادر
Publish Year: 1397
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 211
This Paper With 8 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_JASR-10-4_006
Index date: 15 March 2022
بررسی عملکرد الگوریتم هوشمند تجزیه مقدار تکین (SVD) در بازیابی ژنوتیپ های از دست رفته در سناریوهای مختلف از تعداد نشانگر، اندازه جمعیت و فراوانی آلل نادر abstract
هدف از این تحقیق بررسی عملکرد الگوریتم هوشمند تجزیه مقدار تکین۳۱(SVD) در بازیابی ژنوتیپ های از دست رفته بود. به این منظور، ژنومی متشکل از ۱ کروموزوم به طول یک مورگان که بر روی آن در سناریوهای مختلف به ترتیب ۵۰۰، ۱۰۰۰، ۱۵۰۰، ۲۰۰۰، ۲۵۰۰ و ۳۰۰۰ نشانگر تک نوکلئوتیدی دو آللی (SNP) با فراوانی اولیه یکسان ۵/۰ توزیع شده بود برای ۱۰۰۰ فرد شبیه سازی شد. در ادامه جهت ایجاد فایل اطلاعات در چهارچوب اطلاعات”تعیین ژنوتیپ با توالی یابی“۴۲(GBS) اطلاعات ژنوتیپی به ترتیب ۵%، ۱۰%، ۲۵%، ۵۰%، ۷۵% و ۹۰% از SNPهای افراد از ماتریس ژنوتیپی حذف شده و مجددا توسط روش SVD بازیابی شدند. درصد ژنوتیپ های به درستی بازیابی شده (نسبت تعداد ژنوتیپ های به درستی بازیابی شده به کل ژنوتیپ های از دست رفته) به عنوان شاخصی از صحت بازیابی ژنوتیپ (r) در سناریوهای مختلف مورد استفاده قرار گرفت. صحت بازیابی ژنوتیپ های از دست رفته با استفاده از روش SVD قابل توجه بود به طوری که با افزایش درصد ژنوتیپ های از دست رفته تا ۵۰%، SVD با صحتی در حدود ۸۰% ژنوتیپ های از دست رفته را بازیابی نمود. در سناریوهای ۷۵% و ۹۰% ژنوتیپ از دست رفته صحت بازیابی ژنوتیپ کاهش یافته و به ترتیب ۷۰% و ۴۸% بود. در شرایط برابر از تعداد نشانگر و درصد ژنوتیپ از دست رفته، با افزایش تعداد افراد حاضر در جمعیت از ۱۰۰۰ به ۲۰۰۰ فرد، توانایی بازیابی ژنوتیپ توسط روش SVD افزایش یافت. در یک درصد ثابت از ژنوتیپ های از دست رفته، با افزایش تعداد نشانگر صحت بازیابی ژنوتیپ افزایش یافت به نحوی که با افزایش تعداد نشانگر از ۵۰۰ به ۳۰۰۰ نشانگر، حدودا ۱۰% به صحت بازیابی ژنوتیپ افزوده شد. یک رابطه معکوس بین میزان فراوانی آلل نادر (MAF) و r مشاهده شد به گونه ای که با افزایش MAF از ۰۱/۰ به ۴۰/۰ صحت بازیابی ژنوتیپ به میزان ۸ درصد کاهش یافت. به طور کلی نتایج این تحقیق نشان داد که الگوریتم SVD با صحت بالایی می تواند ژنوتیپ های از دست رفته را بازیابی کند به ویژه زمانی که درصد ژنوتیپ های از دست رفته کم باشد، اندازه جمعیت بزرگ باشد و فراوانی آلل نادر نیز پایین باشد.
بررسی عملکرد الگوریتم هوشمند تجزیه مقدار تکین (SVD) در بازیابی ژنوتیپ های از دست رفته در سناریوهای مختلف از تعداد نشانگر، اندازه جمعیت و فراوانی آلل نادر Keywords:
بررسی عملکرد الگوریتم هوشمند تجزیه مقدار تکین (SVD) در بازیابی ژنوتیپ های از دست رفته در سناریوهای مختلف از تعداد نشانگر، اندازه جمعیت و فراوانی آلل نادر authors
فرهاد غفوری کسبی
دانشگاه بوعلی سینا- همدان
علی گودر تله جردی
دانشگاه بوعلی سینا- همدان
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :