مدلسازی کامپیوتری میانکنش ترکیبات شیمیایی عصاره گیاهی ریحان بر پروتئین FZD۷ عنوان پروتئین کلیدی در سرطان کبد

مقدمه: مسیر سیگنالینگ بتاکتنین نقش بسیار مهمی در رشد جنین و تمایزر تکثیر و بقای سلولهای بنیادی خونساز دارد.همچنین مسیر سیگنالینگ بتاکتنین میتواند در بدخیم شدن سلول ها دخالت داشته باشد. از جمله این بدخیمی های سلولی می توان به کارسینوم کبدی HCC)) که شایع ترین بدخیمی کبد در سراسر جهان است و گزینه های درمانی محدودی برای آن وجود دارد اشاره نمود. مطالعات اخیر گیرنده Frizzled-۷ FZD۷ را که برای فعال سازی سیگنالینگ با واسطه Wnt مهم است، به عنوان یک هدف درمانی بالقوه برای HCC و سایر سرطان ها شناسایی کرده اند.از این رو از تکنیک مدلسازی کامپیوتری جهت ارزیابی پتانسیل ترکیبات شیمیایی عمده گیاه ریحان برای مهار پروتئین FZD۷ مورد استفاده قرار گرفت . مواد و روش ها: با مطالعه مقالات ۸ ترکیب فلاوونوئیدی عمده موجود در گیاه ریحان شناسایی شدو از طریق پایگاه داده Pubchem ساختار شیمیایی آن ها به دست آمده است. پروتئین هدف حاصل از بررسی ها FZD۷ می باشد. ساختار کریستالی بخش اکتیوسایت از بانک اطلاعاتی پروتئین PDB (۶ne۲) بدست آورده و با نرم افزار SPDBV بهینه سازی سطح انرژی صورت گرفت.با نرم افزار PyRx جهت داکینگ پروتئین-لیگاند صورت گرفت و نتایج بررسی گردید. نتایج: بر اساس جدول RMSD حاصل از داکینگ دو ترکیب فلاوونوئیدی از بین یازده ترکیب فوق با انرژی اتصال مناسبی به پروتئین هدف متصل می شوند. ترکیب GAMMA-CADINENE با انرژی اتصال kcal/mol ۲/۶ - و Alpha-Bergamotene با انرژی اتصال kcal/mol ۵/۵- با برقراری اتصال با پروتین هدف و ایجاد ممانعت فضایی مناسب در جایگاه فعال پروتئین آن را غیرفعال می نماید.درنتیجه پروتئین هدف غیرفعال شده و روند سرطان کبد تا حد زیادی تعدیل می گردد.

Keywords:

سرطان کبد , مدلسازی کامپیوتری , ترکیبات فلاوونوئیدی