داکینگ مولکولی پپتید باکتریوسین انتروسین P با آنتی ژن سطحی باکتری اشرشیاکلای مولد ورم پستان در گاوشیری
Publish place: Veterinary Research & Biological Products، Vol: 35، Issue: 4
Publish Year: 1401
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 278
This Paper With 9 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_VTJ-35-4_014
Index date: 28 December 2022
داکینگ مولکولی پپتید باکتریوسین انتروسین P با آنتی ژن سطحی باکتری اشرشیاکلای مولد ورم پستان در گاوشیری abstract
استفاده بیش ازحد از آنتی بیوتیک ها برای درمان بیماری هایی مانند ورم پستان گاوهای شیری ناشی از اشرشیاکلای، منجر به ظهور باکتری های مقاوم شده است که تهدیدی برای سلامت عمومی قلمداد می شود. امروزه پپتیدهای ضدمیکروبی نظیر باکتریوسین ها به عنوان عوامل بالقوه ضدمیکروبی توجه بیشتری به خود جلب کرده اند؛ بنابراین بررسی پایداری و فعالیت ضدباکتریایی آن ها در شرایط بدن حیوان بسیار حائز اهمیت می باشد. لذا، باهدف بررسی پایداری حرارتی پپتید انتروسین P ن (P (EntP، ابتدا ساختار سوم EntP با استفاده از سرور I-TASSER پیش بینی شد. سپس، پایداری این ساختار در شرایط دینامیکی مولکولی مورد ارزیابی قرار گرفت. بدین منظور شبیه سازی با کمک نرم افزار GROMACS در مدت زمان ns ۴۰۰ برای دمای طبیعی بدن گاوشیری (K°۳۱۲) صورت گرفت. درنهایت منحنی RMSD مربوط به این پپتید در مقایسه با زمان، در طول خط سیر شبیه سازی رسم گردید. به منظور بررسی برهم کنش پپتید با پروتئین لیپوپلی ساکارید سطحی D (LptD از باکتری اشرشیاکلای مولد ورم پستان از سرور آنلاین ClusPro استفاده شد. در بخش آزمایشگاهی نیز حداقل غلظت مهارکنندگی (MIC) و حداقل غلظت کشندگی (MBC) براساس روش میکروبراث بر روی اشریشیاکلای برآورد گردید. براساس نتایج گزارش شده توسط سرور I-TASSER، بهترین ساختار پیش بینی شده ی پپتید EntP با ضریب اطمینان (C-score) برابر با ۴/۱ انتخاب شد. مقادیر گزارش شده توسط پلات های ERRAT و Verify۳D نشان داد که ساختار سوم پیش بینی شده برای پپتید EntP رضایت بخش است. گراف RMSD مربوط به بررسی پایداری حرارتی EntP در دمای بدن گاو نشان داد که ساختار پپتید EntP پس از مدت ns ۴۰۰ دارای خط سیر شبیه سازی پایدار است. نتایج مربوط به داکینگ مولکولی نیز نشان داد این پپتید به آنتی ژن LptD در موقعیت مناسب متصل می شود. میزان حداقل غلظت بازدارندگی (MIC) و حداقل غلظت کشندگی (MBC) به ترتیب ۲۵/۴۸ و۵/۹۶ (μg/ml) برای باکتری اشرشیاکلای برآورد شدند. امید است در آینده بتوان از این پپتید به عنوان ترکیبی جایگزین آنتی بیوتیک یا در کنار آن به منظور درمان بیماری های دامی با منشا اشرشیاکلای استفاده کرد.
داکینگ مولکولی پپتید باکتریوسین انتروسین P با آنتی ژن سطحی باکتری اشرشیاکلای مولد ورم پستان در گاوشیری Keywords:
داکینگ مولکولی پپتید باکتریوسین انتروسین P با آنتی ژن سطحی باکتری اشرشیاکلای مولد ورم پستان در گاوشیری authors
سیده زهرا موسوی
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد
زهرا رشیدیان
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد
یاسمن زراعت پیشه
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد
علی جوادمنش
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :