پویش کل ژنوم جهت شناسایی ژن ها و مسیرهای زیستی مرتبط با صفات تیپ در گاو بر پایه آنالیز مسیر
Publish place: Research on Animal Production، Vol: 13، Issue: 37
Publish Year: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 144
This Paper With 9 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_RAP-13-37_015
تاریخ نمایه سازی: 2 بهمن 1401
Abstract:
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: صفات تیپ توصیف کننده وضعیت اسکلتی دام بوده و دارای همبستگی ژنتیکی متوسط تا بالا با صفات مهم اقتصادی شامل باروری، طول عمر اقتصادی و خصوصیات لاشه در گاو می باشد. پژوهش حاضر با هدف مطالعه پویش کل ژنوم بر اساس آنالیز مجموعه های ژنی برای شناسایی جایگاه های ژنی موثر بر صفات تیپ با استفاده از آرایه های ژنومی ۵۰K بود.
مواد و روش ها: برای این منظور از اطلاعات فنوتیپی و ژنوتیپی صفات طول بدن (BL)، ارتفاع قد از جدوگاه (WH)، دور سینه (CG) و عمق سینه (CD) ۲۸۶ نمونه از گاوهای آمیخته استفاده شد. ابتدا آنالیز پویش کل ژنومی برای صفات تیپ در برنامه GEMMA نسخه ۰/۹۸ انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt۲ برنامه R ژنهای معنی داری که در داخل و یا ۲۵ کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنی دار قرار داشتند، شناسایی شدند. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن های نزدیک به مناطق انتخابی و ژن های کاندیدا از طریق پایگاه های GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد.
یافته ها: در این پژوهش تعداد ۱۲ نشانگر تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزوم های ۱، ۳، ۵، ۷، ۸، ۱۰، ۱۳، ۱۶، ۱۷، ۲۲، ۲۳ و ۲۵ شناسایی شدند که با ژن هایPLCB۱ ، PTBP۱، TMEM۱۳۰، PLCB۴ (BL)، TGFBR۳، SYN۳، TRAK۱ (WH)، GLP۱R، HMGA۱ (CG) و CAPN۳، MYOG و MYO۱۸B (CD) مرتبط بودند. برخی از این ژنهای شناسایی شده در مناطق ژنومی معنیدار با مطالعات قبلی هم خوانی داشت. در تفسیر مجموعه ژنی تعداد ۱۷ مسیر هستی شناسی ژنی و بیوشیمیایی با صفات تیپ شناسایی شد (۰.۰۵p˂). از این بین، مسیرهای توسعه ساختار بافت عضله، تشکیل ساختار آناتومیکی در برگیرنده مورفوژنز، هموستازی ساختار آناتومیکی، تمایز و تفرق استئوکلاستها، تمایز و تفرق سلول های عضلات اسکلتی و مسیر سیگنالدهی کلسیم عملکرد های مهمی را در ارتباط با رشد و توسعه عضلات اسکلتی، هموستازی گلوکز، فرآیند استخوانسازی، تفرق سلول های عضلات اسکلتی، تنظیم یون کلسیم و فعالسازی مسیر سیگنالدهی کلسیم بر عهده داشتند.
نتیجه گیری: یافته های این تحقیق ضمن تایید نتایج مطالعات قبلی در زمینه پویش ژنومی صفات مرتبط با تیپ و همچنین شناسایی مناطق ژنومی جدید، میتواند در انتخاب ژنتیکی برنامه های اصلاح نژادی گاو مفید باشد.
Keywords:
Authors
حسین محمدی
Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture and Environmental science, Arak University, Arak, Iran
ابوذر نجفی
Department of Animal and Poultry Science, College of Aburaihan, University of Tehran, Tehran, Iran
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :