تجزیه و تحلیل مجموعه های ژنی جهت شناسایی ژن ها و مسیرهای زیستی مرتبط با صفات وزن بدن در مرغ

این پژوهش به منظور مطالعه پویش کل ژنوم بر پایه تجزیه و تحلیل غنی­سازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاه­های ژنی موثر بر وزن بدن در سنین مختلف چهار نژاد مرغ چوآ، سیلک، لنگشن و بیرد با استفاده از آرایه­های ژنومی با تراکم بالا انجام شد. اطلاعات رکوردهای فنوتیپی و ژنوتیپی نمونه­ها از پایگاه ذخیره ژنومی برخط Frontiersin استفاده شد. مطالعه پویش کل ژنومی از ۴۰۲ قطعه مرغ و خروس با صفات وزن بدن از هفته اول تا ۱۵ هفتگی در برنامه GenABEL ارزیابی شد. در مرحله بعد، تجزیه غنی­سازی مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد زیستی ژن­های نزدیک در مناطق انتخابی کاندیدا با پایگاه­های GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد. در این پژوهش، تعداد ۱۰ نشانگر تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزوم­های ۱، ۲، ۵، ۷، ۱۰، ۱۴، ۱۸، ۱۹، ۲۰ و ۲۷ شناسایی شدند که با ژن­های ABCG۱، MYOD۱، MYH۱۰، MYH۱۱، MYO۱B، MYO۱C، MYO۱E، MYL۱، MYL۲، MYL۳، SLC۲A۸، ACACA، ACOX۱، ACOX۲ و PNPLA۲ مرتبط بودند. برخی از این ژن­ها در مناطق معنی­دار با مطالعات قبلی هم­خوانی داشتند. در تجزیه غنی­سازی مجموعه ژنی، تعداد ۱۷ مسیر هستی­شناسی ژنی و بیوشیمیایی با صفات وزن بدن شناسایی شدند (۰۱/۰P˂). از این بین، مسیرهای cytoskeletal protein binding،anatomical structure development  و Tricarboxylic acid cycle نقش مهمی در توسعه الیاف عضلانی اسکلتی و سوخت و ساز چربی داشتند. با توجه به تایید مناطق قبلی پویش ژنومی صفات وزن بدن و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافته­های این تحقیق می­تواند سبب تسریع در پیشرفت ژنتیکی برنامه­های اصلاح نژادی مرغ شود.

Keywords:

تجزیه بر پایه مسیر , ژن کاندیدا , مرغ , وزن بدن