شناسایی و پیش بینی عملکرد RNAهای بلند غیرکدکننده پاسخگو به تنش خشکی در عدس (.Lens culinaris L)

راضیه خدیور; احمد اسماعیلی; سید سجاد سهرابی; حسن ترابی پوده

شناسایی و پیش بینی عملکرد RNAهای بلند غیرکدکننده پاسخگو به تنش خشکی در عدس (.Lens culinaris L)

Publish place: Plant Genetic Researches، Vol: 9، Issue: 2

Publish Year: 1401

نوع سند: مقاله ژورنالی

زبان: Persian

This Paper With 16 Page And PDF Format Ready To Download

دریافت فایل کامل Paper

Certificate
من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این Paper:

https://civilica.com/doc/1662692

شناسه ملی سند علمی:

JR_PGRLU-9-2_005

تاریخ نمایه سازی: 2 خرداد 1402

Abstract:

تنش خشکی یکی از مهم ترین عوامل محیطی است که بر رشد و بهره وری گیاهان زراعی از جمله عدس تاثیر می گذارد. در طی تکامل، تغییرات ژنتیکی حیاتی به وسیله RNAهای غیرکدکننده (ncRNAs) در پاسخ گیاهان به تنش خشکی و سایر تنش های غیرزیستی به وجود آمده است. در مطالعه حاضر، پس از شناسایی lncRNAها در پروفایل بیانی عدس، از داده های RNA-seq و واکنش Real-time PCR برای بررسی الگوی بیان برخی از lncRNAهای شناسایی شده تحت تنش خشکی استفاده شد. همچنین شبکه هم بیانی lncRNAs-DEGs با استفاده از بسته نرم افزاری psych ترسیم شد. در مجموع طی این مطالعه، ۳۵۹۰ توالی lncRNA در عدس شناسایی شد. تعداد زیادی از lncRNAها با ژن های مرتبط با تنظیم ریتم شبانه روزی، پاسخ به یون روی، واکنش نوری فتوسنتزی و هموستازی یونی هم بیان بودند. همچنین نتایج نشان داد که سه توالی LCUL_evgLocus_۱۰۴۳۹۲، LCUL_evgLocus_۹۹۰۶۶ و LCUL_evgLocus_۶۱۸۷۶ دارای بیشترین تغییر بیان در پاسخ به تنش خشکی بودند. بررسی هم بیانی این توالی ها با ژن های دارای بیان افتراقی در پاسخ به خشکی سبب شناسایی مسیرهای متابولیکی متاثر از این توالی ها گردید. این مطالعه برای اولین بار توالی های lncRNA را در عدس شناسایی نمود و گامی مفید در شناخت مکانیسم عملکرد lncRNA در چگونگی تحمل گیاهان به تنش خشکی می باشد. شبکه ها هم بیان این توالی ها و ژن های دارای بیان افتراقی می تواند سبب درک بهتر مکانیسم های پاسخ به خشکی در عدس شود.

Keywords:

Drought stress , Lentil , LncRNA , PLncPRO , تنش خشکی , عدس , LncRNA , PLncPRO

Authors

راضیه خدیور

Department of Plant Production and Genetic Engineering, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, Iran

احمد اسماعیلی

Department of Plant Production and Genetic Engineering, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, Iran

سید سجاد سهرابی

Department of Plant Production and Genetic Engineering, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, Iran

حسن ترابی پوده

Department of Water Engineering, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, Iran

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

Arumuganathan, K. and Earle, E.D. (۱۹۹۱). Nuclear DNA content of ...
Au, P.C.K., Zhu, Q.H., Dennis, E.S. and Wang, M.B. (۲۰۱۱). ...
Bindea, G., Mlecnik, B., Hackl, H., Charoentong, P., Tosolini, M., ...
Chen, L., Zhu, Q.H. and Kaufmann, K. (۲۰۲۰). Long non-coding ...
https://doi.org/۱۰.۱۰۱۶/j.ncrna.۲۰۲۰.۰۹.۰۰۳Chen, L.L. and Carmichael, G.G. (۲۰۱۰). Decoding the function of ...
Dong, S.M., Liang, X., LI, Z.B., Jie, S., Yan, H.B., ...
Fukuda, M., Nishida, S., Kakei, Y., Shimada, Y. and Fujiwara, ...
He, M., He, C.Q. and Ding, N.Z. (۲۰۱۸). Abiotic stresses: ...
Hosseini, S.Z., Ismaili, A., Nazarian-Firouzabadi, F., Fallahi, H., Rezaei Nejad, ...
Jarroux, J., Morillon, A. and Pinskaya, M. (۲۰۱۷). History, discovery, ...
Khazaei, H., Caron, C.T., Fedoruk, M., Diapari, M., Vandenberg, A., ...
Kollist, H., Zandalinas, S.I., Sengupta, S., Nuhkat, M., Kangasjärvi, J. ...
Kumar, B., Kumar, A., Jaiswal, S., Iquebal, M.A., Angadi, U.B., ...
Kumar, K. and Chakraborty, S. (۲۰۲۱). Roles of long non-coding ...
Kumar, S., Barpete, S., Kumar, J., Gupta, P. and Sarker, ...
Kumar, S., Hamwieh, A., Manickavelu, A., Kumar, J., Sharma, T. ...
Lamin-Samu, A.T., Zhuo, S., Ali, M. and Lu, G. (۲۰۲۲). ...
Livak, K.J. and Schmittgen, T.D. (۲۰۰۱). Analysis of relative gene ...
Lu, X., Wang, X., Chen, X., Shu, N., Wang, J., ...
Ma, L., Bajic, V.B. and Zhang, Z. (۲۰۱۳). On the ...
Muthusamy, M., Uma, S., Backiyarani, S. and Saraswathi, M.S. (۲۰۱۵). ...
Nejat, N. and Mantri, N. (۲۰۱۸). Emerging roles of long ...
Patra, G.K., Gupta, D., Rout, G.R. and Panda, S.K. (۲۰۲۳). ...
Qi, X., Xie, S., Liu, Y., Yi, F. and Yu, ...
Qin, T., Zhao, H., Cui, P., Albesher, N. and Xionga, ...
Raeesi Sadati, S.Y., Jahanbakhsh Godehkahriz, S., Ebadi, A. and Sedghi, ...
Rafeie, M., Amerian, M.R., Sorkhi, B., Heidari, P. and Asghari, ...
Revelle, W. and Revelle, M.W. (۲۰۱۵). Package 'psych'. The comprehensive ...
Sabaghpour, S., Seyedi, F., Mahmoodi, A., Safikhani, M., Pezeshkpour, P., ...
Singh, U., Khemka, N., Rajkumar, M.S., Garg, R. and Jain, ...
Sohrabi, S.S., Ismaili, A., Nazarian-Firouzabadi, F., Fallahi, H. and Hosseini, ...
Sultana, R., Choudhary, A.K., Pal, A.K., Saxena, K.B., Prasad, B.D. ...
Sun, X., Zheng, H. and Sui, N. (۲۰۱۸). Regulation mechanism ...
Tan, X., Li, S., Hu, L. and Zhang, C. (۲۰۲۰). ...
Trivedi, P.K. and Asif, M.H. (۲۰۲۰). Updates on plant long ...
Urquiaga, M.C.O., Thiebaut, F., Hemerly, A.S. and Ferreira, P.C.G. (۲۰۲۰). ...
Waseem, M., Liu, Y. and Xia, R. (۲۰۲۱). Long non-coding ...
Weidong, Q., Hongping, C., Zuozhen, Y., Biaolin, H., Xiangdong, L., ...
Weidong, Q., Hongping, C., Zuozhen, Y., Biaolin, H., Xiangdong, L., ...
Xin, M., Wang, Y., Yao, Y., Song, N., Hu, Z., ...
Zhang, C., Tang, G., Peng, X., Sun, F., Liu, S. ...
Zou, C., Guo, Z., Zhao, S., Chen, J., Zhang, C. ...
https://doi.org/۱۰.۳۳۸۹/fpls.۲۰۲۳.۱۱۱۸۰۱۱Arumuganathan, K. and Earle, E.D. (۱۹۹۱). Nuclear DNA content of ...
Au, P.C.K., Zhu, Q.H., Dennis, E.S. and Wang, M.B. (۲۰۱۱). ...
Bindea, G., Mlecnik, B., Hackl, H., Charoentong, P., Tosolini, M., ...
Chen, L., Zhu, Q.H. and Kaufmann, K. (۲۰۲۰). Long non-coding ...
https://doi.org/۱۰.۱۰۱۶/j.ncrna.۲۰۲۰.۰۹.۰۰۳Chen, L.L. and Carmichael, G.G. (۲۰۱۰). Decoding the function of ...
Dong, S.M., Liang, X., LI, Z.B., Jie, S., Yan, H.B., ...
Fukuda, M., Nishida, S., Kakei, Y., Shimada, Y. and Fujiwara, ...
He, M., He, C.Q. and Ding, N.Z. (۲۰۱۸). Abiotic stresses: ...
Hosseini, S.Z., Ismaili, A., Nazarian-Firouzabadi, F., Fallahi, H., Rezaei Nejad, ...
Jarroux, J., Morillon, A. and Pinskaya, M. (۲۰۱۷). History, discovery, ...
Khazaei, H., Caron, C.T., Fedoruk, M., Diapari, M., Vandenberg, A., ...
Kollist, H., Zandalinas, S.I., Sengupta, S., Nuhkat, M., Kangasjärvi, J. ...
Kumar, B., Kumar, A., Jaiswal, S., Iquebal, M.A., Angadi, U.B., ...
Kumar, K. and Chakraborty, S. (۲۰۲۱). Roles of long non-coding ...
Kumar, S., Barpete, S., Kumar, J., Gupta, P. and Sarker, ...
Kumar, S., Hamwieh, A., Manickavelu, A., Kumar, J., Sharma, T. ...
Lamin-Samu, A.T., Zhuo, S., Ali, M. and Lu, G. (۲۰۲۲). ...
Livak, K.J. and Schmittgen, T.D. (۲۰۰۱). Analysis of relative gene ...
Lu, X., Wang, X., Chen, X., Shu, N., Wang, J., ...
Ma, L., Bajic, V.B. and Zhang, Z. (۲۰۱۳). On the ...
Muthusamy, M., Uma, S., Backiyarani, S. and Saraswathi, M.S. (۲۰۱۵). ...
Nejat, N. and Mantri, N. (۲۰۱۸). Emerging roles of long ...
Patra, G.K., Gupta, D., Rout, G.R. and Panda, S.K. (۲۰۲۳). ...
Qi, X., Xie, S., Liu, Y., Yi, F. and Yu, ...
Qin, T., Zhao, H., Cui, P., Albesher, N. and Xionga, ...
Raeesi Sadati, S.Y., Jahanbakhsh Godehkahriz, S., Ebadi, A. and Sedghi, ...
Rafeie, M., Amerian, M.R., Sorkhi, B., Heidari, P. and Asghari, ...
Revelle, W. and Revelle, M.W. (۲۰۱۵). Package 'psych'. The comprehensive ...
Sabaghpour, S., Seyedi, F., Mahmoodi, A., Safikhani, M., Pezeshkpour, P., ...
Singh, U., Khemka, N., Rajkumar, M.S., Garg, R. and Jain, ...
Sohrabi, S.S., Ismaili, A., Nazarian-Firouzabadi, F., Fallahi, H. and Hosseini, ...
Sultana, R., Choudhary, A.K., Pal, A.K., Saxena, K.B., Prasad, B.D. ...
Sun, X., Zheng, H. and Sui, N. (۲۰۱۸). Regulation mechanism ...
Tan, X., Li, S., Hu, L. and Zhang, C. (۲۰۲۰). ...
Trivedi, P.K. and Asif, M.H. (۲۰۲۰). Updates on plant long ...
Urquiaga, M.C.O., Thiebaut, F., Hemerly, A.S. and Ferreira, P.C.G. (۲۰۲۰). ...
Waseem, M., Liu, Y. and Xia, R. (۲۰۲۱). Long non-coding ...
Weidong, Q., Hongping, C., Zuozhen, Y., Biaolin, H., Xiangdong, L., ...
Weidong, Q., Hongping, C., Zuozhen, Y., Biaolin, H., Xiangdong, L., ...
Xin, M., Wang, Y., Yao, Y., Song, N., Hu, Z., ...
Zhang, C., Tang, G., Peng, X., Sun, F., Liu, S. ...
Zou, C., Guo, Z., Zhao, S., Chen, J., Zhang, C. ...

نمایش کامل مراجع