مقایسه برخی نرم افزارهای مکانیابی در آنالیز داده های RNA-Seq گاو شیری
Publish place: Research on Animal Production، Vol: 14، Issue: 39
Publish Year: 1402
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 191
This Paper With 8 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_RAP-14-39_014
Index date: 17 June 2023
مقایسه برخی نرم افزارهای مکانیابی در آنالیز داده های RNA-Seq گاو شیری abstract
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: با توجه به کاربرد روزافزون تعیین توالی نسل جدید (NGS)، جهت شناسایی ژن های عملکردی، استفاده از الگوریتم ها و نرم افزارهای تخصصی برای انجام آنالیزهای آماری ضروری است. مکان یابی خوانش ها با ژنوم مرجع اولین و مهم ترین مرحله اکثر برنامه های آنالیز داده های RNA-Seq است که به صورت موثری صحت آنالیزهای پایین دستی بستگی به این مرحله دارد. لذا هدف از این تحقیق، مقایسه برخی نرم افزارهای مختلف هم ترازی داده های حاصل از تعیین توالی کل RNA روی ژنوم مرجع بود.
مواد و روش ها: از داده های RNA-Seq مربوط به ۵۴ راس گاو شیری هلشتاین به منظور شناسایی ژن های موثر در باروری استفاده شد. تعیین کیفیت خوانش ها توسط نرم افزار FastQC و ویرایش توالی های کم کیفیت با استفاده از نرم افزار Trimmomatic انجام شد. داده های ویرایش شده با آخرین نسخه ژنوم مرجع گاو با استفاده از نرم افزارهای Bowtie۲، Tophat۲ و Hisat۲ مکان یابی شدند. درصد کل خوانش های مکان یابی شده، درصد خوانش های مکان یابی شده روی یک محل در ژنوم مرجع و همچنین درصد خوانش های مکان یابی شده روی بیش از یک محل محاسبه شدند.
یافته ها: نتایج نشان داد که بیشترین هم ترازی صورت گرفته روی ژنوم مرجع گاو با استفاده از نرم افزار Tophat۲ بوده است. از کل خوانش های موجود، نرم افزارهای Tophat۲ و Hisat۲ به ترتیب ۹۴/۱۹۷ و ۹۲/۵۲۶ درصد را روی ژنوم مرجع مکان یابی نمودند. نرم افزار Hisat۲ عملکرد تخصیصی بیشتری داشت و ۸۹/۲۰۲ درصد از داده ها را به یک جایگاه اختصاصی مکان یابی کرد درصورتی که این پارامتر در خصوص نرم افزار Tophat۲ به میزان ۸۷/۸۱۲ درصد از کل توالی ها بود. از کل توالی های به کار گرفته شده تنها ۳/۳۲۴ درصد توسط Hisat۲ و ۶/۳۸۵ درصد توسط Tophat۲ با بیش از یک جایگاه ژنوم مرجع مکان یابی شدند. نرم افزار Bowtie۲ در مقایسه با دو نرم افزار دیگر عملکرد پایینی داشت.
نتیجه گیری: مقایسه نرم افزارهای هم ترازی داده های RNA-Seq روی ژنوم مرجع نشان داد که اگر چه نرم افزار Hisat۲ بهترین نرم افزار برای مکان یابی خوانش ها بود بود ولی نرم افزار Tophat۲ هم می تواند به جای آن در آنالیز داده های RNA-seq استفاده شود. در ضمن نرم افزار Bowtie۲ در ارتباط با داده های RNA-Seq کارآیی چندانی ندارد.
مقایسه برخی نرم افزارهای مکانیابی در آنالیز داده های RNA-Seq گاو شیری Keywords:
Gene expression , Mapping , Omix , Reference Genome and Sequencing , اومیکس , بیان ژن , تعیین توالی , ژنوم مرجع و مکان یابی
مقایسه برخی نرم افزارهای مکانیابی در آنالیز داده های RNA-Seq گاو شیری authors
قربان الیاسی زرین قبایی
Department of Animal Science, College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran
مصطفی صادقی
Department of Animal Science, College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran
سیدرضا میرایی آشتیانی
Department of Animal Science, College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :