شناسایی مولکولی وتجزیه وتحلیل بیوانفورماتیک وبررسی فیلوژنتیکی لاکتوباسیلوس پلانتاروم در نمونه های خمیر ترش صنعتی و سنتی

باکتری های اسید لاکتیک (LAB) گروهی از باکتری های گرم مثبت، بدون اسپور هستندکه عموما به عنوان ارگانیسم های ایمن در نظر گرفته می شوند.از آنجایی که این باکتری ها توانایی تولید تغییرات مطلوب را در طعم و بافت غذا دارا هستند و بنا به اهمیت لاکتوباسیل ها در سلامت انسان، شناسایی مولکولی و بررسی فیلو ژنتیکی لاکتوباسیل های جداشده از خمیرترش نمونه محلی تربت جام و المان بر اساس توالی۱۶s RNA مهمترین هدف این مطالعه است.بدین منظور خمیرترش بر اساس خصوصیات ارگانولپتیکی (عطر و طعم) از شهرستان تربت جام جمع آوری گردید.نمونه DNA از خمیرترش آلمان به طور مستقیم استخراج گردید. پس از استخراج DNA تکثیر قطعه۲۵۳جفت بازی از ژن ۱۶s RNA ریبوزومی توسط آغازگرهای اختصاصی انجام گرفت. سپس قطعات تکثیر شده تعیین توالی شدند. نتایج به دست آمده نشان داد که در موقعیت ۱۸۲ و ۲۰۵ به ترتیب تغییرات نوکلئوتیدی A/Cو T/C وجود دارد که در موقعیت ۱۸۲ اسیدآمینه هیستیدین به پرولین و در موقعیت ۲۰۸ اسید گلوتامین به کدون پایان تغییر داده شد همچنین توالی نهایی بدست آمده از نمونه تربت با طول ۲۵۳ جفت باز شامل۱/۲۴ درصد آدنین، ۱/۲۲ درصد گوانین، ۳/۲۷ درصد سیتوزین و ۵/۲۶درصد تیمین بود. نتایج فیلوژنتیکی با استفاده از روش Neighbor-Joining نشان داد، که باکتری لاکتوباسیلوس پلانتاروم جدا شده ازخمیرترش نمونه محلی تربت جام کمترین فاصله ژنتیکی با آلمان، چین و هلند و بیشترین فاصله ژنتیکی با لاکتوباسیلوس پلانتاروم فرانسه دارد.

Keywords:

اسید لاکتیک , خمیر ترش , ژن ۱۶Sr RNA , تعیین توالی