سیویلیکا را در شبکه های اجتماعی دنبال نمایید.

Login
PapersConferencesJournals

ردیابی و تکثیر ژن های اثرگذار حامل دومین LysM در ژنوم قارچ F. oxysporum f. sp. lycopersici

Publish place: Nova Biologica Reperta، Vol: 2، Issue: 4
Publish Year: 1394
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 184

This Paper With 15 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Export:

Link to this Paper:
https://civilica.com/doc/1835072

Document National Code:

JR_NBR-2-4_001

Index date: 29 November 2023

ردیابی و تکثیر ژن های اثرگذار حامل دومین LysM در ژنوم قارچ F. oxysporum f. sp. lycopersici abstract

قارچ (FOL) Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici  در طی کلونیزه­کردن آوند گیاه گوجه ­فرنگی پروتئین ­های کوچک اثرگذاری را به درون آوند گیاه ترشح می­ کند که دستگاه مقاومتی گیاه را مهار یا مختل می­ کند و سبب بروز بیماری می­ شود. تاکنون ۱۴ پروتئین اثرگذار در این بیمارگر شناسایی شده ­است که هیچ­یک دومین مشخصی در توالی پروتئینی خود ندارند. در دیگر قارچ­ های بیمارگر پروتئین­ های اثرگذار حامل دومین LysM جهت اتصال به کیتین و تجزیه آن شناسایی شده ­است. با توجه به کارکرد مهم این دومین در برهم­کنش قارچ و گیاه، در مطالعه حاضر جست­جو برای شناسایی ژن­ های اثرگذار حامل دومین LysM در قارچ FOL انجام شد. در ابتدا جست­جوی دومین LysM  در ژنوم Fol به کمک پایگاه اطلاعاتی Pfam به شناسایی ۱۷ پروتئین منتج شد که در این بین، با توجه به وزن مولکولی پایین پروتئین­ های اثرگذار و ترشح آنها در فضای بین سلولی، دو پروتئین فرضی به نام­های Fol-LysM۱ و Fol-LysM۳ جهت مطالعات تکمیلی انتخاب شدند. پیش­بینی ساختار ژنی مفروض با  FGENESH+صورت­ گرفت؛ سپس، حضور ساختارهای دومینی و خصوصیات پروتئین­های افکتوری مانند مناطق سیگنال پپتیدی، تعداد و موقعیت اسیدآمینه سیستیین و باندهای دی­سولفیدی و وزن مولکولی در Fol-LysM۱ و Fol-LysM۳ پیش ­بینی شد. در ادامه توالی کدکننده دو پروتئین مزبور در ژنوم  FOLتکثیر و تعیین­ توالی شد و با بقیه پروتئین­ های اثرگذار دارای دومین LysM ازنظر فیلوژنتیکی و سازماندهی دومین ­ها مقایسه شد. این اولین گزارش از ردیابی ژن­ های اثرگذار دارای دومین LysM در FOL است که توالی Fol-LysM۱ با شماره دستیابی KU۵۲۲۳۰۵ در بانک ژن ثبت شد.

ردیابی و تکثیر ژن های اثرگذار حامل دومین LysM در ژنوم قارچ F. oxysporum f. sp. lycopersici Keywords:

ردیابی و تکثیر ژن های اثرگذار حامل دومین LysM در ژنوم قارچ F. oxysporum f. sp. lycopersici authors

Farhad Shokouhifar

Research Center for Plant Sciences, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran

Elahe Rabiei-Motlagh

Plant Pathology Department, College of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad. Mashhad, Iran

Nahid Abbaspour

Research Center for Plant Sciences, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran

Sahba Toosi

Research Center for Plant Sciences, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
امینی، ج.،کاظمی، م.، عبداله زاده، ج. و درویش نیا، م. ...
اعتباریان، ح.ر. ۱۳۷۱. بررسی بیماری پژمردگی فوزاریومی گوجه فرنگی و ...
حیدرزاده، ن.، روحانی،ح.، فلاحتی رستگار،م. و مهدیخانی مقدم، ع. ۱۳۹۲. ...
خرسندی، س.، بابای اهری، ا.، رضایی، س. و محمدی پور، ...
فصیحانی، ع. ۱۳۶۸. نژاد فیزیولوژیک فوزاریوم عامل پژمردگی گوجه فرنگی ...
Amini, J. ۲۰۰۹. Physiological race of Fusarium oxysporum f. sp. ...
Baroncelli, R., Sreenivasaprasad, S., Sukno, S.A., Thon, M.R. and Holub, ...
Bolton, M.D., Esse, H.P., Vossen, J.H., Jonge, R.J., Stergiopoulos, I., ...
Brefort, T., Tanaka, S., Neidig, N., Doehlemann, G. and Vincon, ...
Broad Institute of MIT and Harvard, Fusarium Comparative Database. ۲۰۰۷. ...
Finn, R.D., Bateman, A., Clements, J., Coggill, P., Eberhardt, R.Y., ...
Ferre, F. and Clote, P. ۲۰۰۵. DiANNA: a web server ...
Gasteiger, E., Hoogland, C., Gattiker, A., Duvaud, S., Wilkins, M.R., ...
Garvey, K.J. Saedi, M.S. and Ito, J. ۱۹۸۶. Nucleotide sequence ...
Houterman, P.M., Ma, L., VanOoijen, G., DeVroomen, M.J., Cornelissen, B.J.C., ...
Houterman, P.M., Cornelissen, B.J.C. and Rep, M. ۲۰۰۸. Suppression of ...
Jones, J. and Dangl, J. ۲۰۰۶. The plant immune system. ...
Jonge, R. and Thomma, B.H.J. ۲۰۰۹. Fungal LysM effectors: extinguishers ...
Kombrink, A. and Thomma, B.P.H.J. ۲۰۱۳. LysM effectors: secreted proteins ...
Knogge, W. and Scheel, D. ۲۰۰۶. LysM receptors recognize friend ...
Larkin, M.A., Blackshields, G., Brown, N.P., Chenna, R., McGettigan, P.A., ...
Letunic, I., Copley, R., Schmid, S., Ciccarelli, F., Doerks, T. ...
Marshall, R., Kombrink, A., Motteram, J. Loza-Reyes, L., Lucas, J., ...
Mentlak, T.A., Shinya, T., Ryder, L.S., Otomo, I., Saitoh, H., ...
Ohm, R.A., Feau, F., Henrissat, B., Schoch, C.L., Horwitz, B.A., ...
Petersen, T.N., Brunak, S., Heijne, G. and Nielsen, H. ۲۰۱۱. ...
Rep, M. ۲۰۰۵. Small proteins of plant-pathogenic fungi secreted during ...
Rouxel, T., Grandaubert, J., Hane, J.K., Hoede and C van ...
Solovyev, V., Kosarev, P., Seledsov, I., Vorobyev, D. ۲۰۰۶. Automatic ...
Swindell, S.R. and Plasterer, T.N. ۱۹۹۷. SEQMAN. – Methods In ...
Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M. ...
Thomma, B.H.J., Nurnberger T. and Joosten, M.H.A.J. ۲۰۱۱. Of PAMPs ...
Vleeshouwers, V.G.A.A. and Oliver, R.P. ۲۰۱۴. Effectors as tools in ...
Zhang, X.C., Wu, X., Findley, S., Wan, J., Libault, M., ...
نمایش کامل مراجع