بررسی اثر جهش H۲۳۰M ژن CoxB در باکتری اسیدیتیوباسیلوس‎ ‎فرواکسیدانس با استفاده از شبیه‎ ‎سازی دینامیک مولکولی

سمیه فرهمند; فائزه فاطمی; مرضیه دهقان شاسلطنه; رضا حاجی حسینی بغدادی; شهریار سعیدیان

بررسی اثر جهش H۲۳۰M ژن CoxB در باکتری اسیدیتیوباسیلوس‎ ‎فرواکسیدانس با استفاده از شبیه‎ ‎سازی دینامیک مولکولی

Publish place: Experimental of animal Biology، Vol: 9، Issue: 2

Publish Year: 1399

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 11 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/1851913

Document National Code:

JR_EAB-9-2_003

Index date: 13 December 2023

بررسی اثر جهش H۲۳۰M ژن CoxB در باکتری اسیدیتیوباسیلوس‎ ‎فرواکسیدانس با استفاده از شبیه‎ ‎سازی دینامیک مولکولی abstract

در باکتری اسیدیتیوباسیلوسفرواکسیدانس، پروتئین های موجود در مسیر زنجیره انتقالالکترون از جمله پروتئین سیتوکروم C اکسیداز (CoxB)، پروتئین CoxB حاوی دو اتم مس (CuA, CuB) در ساختار خود می باشد. CuAنقش مهمی در انتقال الکترون دارد. طبق مطالعات قبلی، تبدیل هیستیدین به متیونین در پروتئین مشابه، منجر به افزایش پایداری پروتئین و بهبود عملکرد آن می شود. همچنین، اتصال متیونین به CuB در ساختار پروتئین وحشی یکی دیگر از دلایل انتخاب جهش H۲۳۰M در جایگاه CuA است. پروتئین وحشی و جهشیافته در حضور غشاء دولایه POPC با استفاده از gromacs نسخه ۵.۱.۴ شبیهسازی می شود. تغییرات ساختاری پروتئین جهشیافته توسط RMSD، RMSF، SASA،Rg ، DSSP،density ،thickness ، PCA، ED، DCCM وFEL بررسی شد. نتایج حاصل از تجزیهوتحلیل پروتئین های وحشی و جهشیافته نشان میدهد که باکتری پایداری خود را بعد از جهش حفظ میکند. به نظر می رسد جهش منجر به افزایش میزان دریافت الکترون میشود که نیاز به مطالعات بیشتر در این زمینه دارد. شبیهسازی دینامیکی مولکولی و نتایج آنالیزها نشان می دهد که جهش به افزایش پایداری پروتئین کمک میکند. بنابراین، این یافته رویکردهای جدیدی را از نظر خصوصیات ساختاری و احتمال انتقالالکترون ارائه میدهد.

بررسی اثر جهش H۲۳۰M ژن CoxB در باکتری اسیدیتیوباسیلوس‎ ‎فرواکسیدانس با استفاده از شبیه‎ ‎سازی دینامیک مولکولی Keywords:

باکتری , بیولیچینگ , جهش , شبیه‎ ‎سازی دینامیک مولکولی , POPC

بررسی اثر جهش H۲۳۰M ژن CoxB در باکتری اسیدیتیوباسیلوس‎ ‎فرواکسیدانس با استفاده از شبیه‎ ‎سازی دینامیک مولکولی authors

سمیه فرهمند

استادیار، گروه زیست شناسی، دانشگاه پیام نور، تهران، ایران

فائزه فاطمی

دانشیار، پژوهشکده مواد و سوخت هسته ای، پژوهشگاه علوم و فنون هسته ای، سازمان انرژی اتمی، تهران، ایران

مرضیه دهقان شاسلطنه

استادیار، گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران

رضا حاجی حسینی بغدادی

استاد، گروه زیست شناسی، دانشگاه پیام نور، تهران، ایران

شهریار سعیدیان

استادیار، گروه زیست شناسی، دانشگاه پیام نور، تهران، ایران

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

Aier, I.; Varadwaj, PK.; Raj, U. (۲۰۱۶). Structural insights into ...

Amdursky, N.; Sepunaru, L.; Raichlin, S.; Pecht, I.; Sheves, M.; ...

Barrett, ML.; Harvey, I.; Sundararajan, M. (۲۰۰۶). Atomic Resolution Crystal ...

Berg, JM.; Tymoczko, JL.; Stryer, L. (۲۰۰۲). Biochemistry. ۵th ed. ...

Chandra Patra, M.; Kumar Pradhan, S.; Narayan Rath, S.; Maharana, ...

Farahmand, S.; Fatemi, F.; Haji Hosseini, R., (۲۰۱۹). Sequencing of ...

Hernández VA.; Eriksson EK.; Edwards K. (۲۰۱۵). Ubiquinone-۱۰ Alters Mechanical ...

Imani, S., Cheng, J., Dehghan Shasaltaneh, M., Wei, C., Yang, ...

Luthen, H.; Bottger, M. (۱۹۸۸). Hexachloroiridate IV as an Electron ...

Pahari, B.; Chakraborty, S.; Sengupta, B.; Chaudhuri, S.; Martin, W.; ...

Rayapadi, GS.; Sudha, R.; Anand, A. (۲۰۱۶). Molecular Dynamics Studies ...

Sahoo, BR.; Fujiwara, T. (۲۰۱۶). Membrane Mediated Antimicrobial and Antitumor ...

Song, AX.; Li, LZ.; Yu, T.; Chen, SM.; Huang, ZX. ...

Wei, W.; Zhang, X.; Shen, F. (۲۰۱۶). Data set for ...

نمایش کامل مراجع