آنالیز فیلوژنتیک ژن مقاومت به بیماری (R gene) کد کننده پروتئین NBS-LRR در خرما Elaeis guineensis با استفاده از تکنیک AFLP in silico

فاطمه مرتضوی; سامان حسینعلی; مختار جلالی جواران; فایقه مرتضوی مقدم

آنالیز فیلوژنتیک ژن مقاومت به بیماری (R gene) کد کننده پروتئین NBS-LRR در خرما Elaeis guineensis با استفاده از تکنیک AFLP in silico

Publish place: Scientific Conference and Festival of Iranian Dates

Publish Year: 1391

Type: Conference paper

Language: Persian

متن کامل این Paper منتشر نشده است و فقط به صورت چکیده یا چکیده مبسوط در پایگاه موجود می باشد.
توضیح: معمولا کلیه مقالاتی که کمتر از ۵ صفحه باشند در پایگاه سیویلیکا اصل Paper (فول تکست) محسوب نمی شوند و فقط کاربران عضو بدون کسر اعتبار می توانند فایل آنها را دانلود نمایند.

Certificate
I'm the author of the paper

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/185422

Document National Code:

IRANDATE01_024

Index date: 3 March 2013

آنالیز فیلوژنتیک ژن مقاومت به بیماری (R gene) کد کننده پروتئین NBS-LRR در خرما Elaeis guineensis با استفاده از تکنیک AFLP in silico abstract

مطالعات انجام شده بر روی ژن مقاومت به بیماری (R genes) در گیاهان تک لپه و دولپه نشان داده که اکثر این ژنها حاوی دومینهای جایگاه leucin_ rich repeat LRR و Nucleotide Binding site NBS می باشند. چندین ژن مقاومت همولوگ RGHs از این خانواده ژنی از گیاهان مختلف گونه های برنج، ذرت، سویا، سیب زمینی، آرابیدوپسیس، گندم و گوجه فرنگی و حتی گیاهان چند ساله ای مانند سیب و اخیرا خرما جداسازی شده است. ژن مقاومتی که از گونه های مختلف استخراج شده منشا مقاومت به ویروسها باکتری ها، قارچها و حتی حشرات و نماتودها می باشد. این موتیفهای به شدت محافظت شده گزینه مناسبی جهت بررسی و شناسایی R gene در گونه های مختلف گیاهی و بررسی نوع مقاومت آنها می باشند.به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی این ژن درگونه ها و ژنهای Lycopersicon hirsutum clone PK12_340 RGA marker sequence ,Arabidopsis lyrata cultivar و 24 Oryza sativa for XA و 1 Elaeis guineensis RGHs sequence و in silico AFLP آنالیز RPM1 (RPM1) gene, RPM1-lyr allel NBS/LRR disease resistance protein بر روی توالی های کد کننده (cDNA) انجام شد. با استفاده از نرم افزار بیوانفورماتیک CLC Main Workbench6.6.2 Evaluation توالی های (cDNA) این ژن با استفاده از دو آنزیم برشی NdeII , BamHI هضم شدند انتخاب این دو آنزیم خاص به دلیل مشترک بودن جایگاه برش این آنزیمها در تمام ژنهای مورد مطالعه، داشتن بیشترین جایگاه برشی بر روی این توالیها و عدم تداخل آنها در برش جایگاههای یکدیگر بود. پس از برش همه توالی های (cDNA) پروفیل قطعات حاصل از برش ژنهای گروه R این گونه ها با 2 آنزیم برشی NdeII , BamHI ترسیم شد. پروفایل قطعات حاصل شامل یک باند مشترک با اندازه ای حدود 340 جفت باز در تمام گونه های مورد بررسی مشاهده شد. همچنین درخت فیلوژنتیکی حاصل از این آنالیز با استفاده از روش حداکثر درشت نمایی و الگوریتم neighbor joining، گونه های مورد مطالعه را از نظر قرابت در مورد این ژن به خصوص در 3 کلاستر قرار داد.

آنالیز فیلوژنتیک ژن مقاومت به بیماری (R gene) کد کننده پروتئین NBS-LRR در خرما Elaeis guineensis با استفاده از تکنیک AFLP in silico Keywords:

ژن مقاومت به بیماری LRR , clc main workbench , RGHs

آنالیز فیلوژنتیک ژن مقاومت به بیماری (R gene) کد کننده پروتئین NBS-LRR در خرما Elaeis guineensis با استفاده از تکنیک AFLP in silico authors

فاطمه مرتضوی

دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی کرمان و پژوهشکده بین المللی تکنولوژی پ

سامان حسینعلی

گروه بیوشیمی دانشکده علوم زیستی دانشگاه تربیت مدرس

مختار جلالی جواران

گروه بیوتکنولوزی دانشکده کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس

فایقه مرتضوی مقدم

گروه صنایع چوب و کاغذ دانشگاه تهران