شناسایی تنوع ژنوم در نژاد های گوسفندان بومی ایران با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم

حجت اسدالله پورنعنایی; مسعود اسدی فوزی; زینب امیری; محمدحسین بنابازی

شناسایی تنوع ژنوم در نژاد های گوسفندان بومی ایران با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم

Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 15، Issue: 4

Publish Year: 1402

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 16 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/1865731

Document National Code:

JR_JOAGK-15-4_008

Index date: 26 December 2023

شناسایی تنوع ژنوم در نژاد های گوسفندان بومی ایران با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم abstract

چکیدههدف: کشور ایران از جمله قدیمی ترین مراکز اهلی سازی و پرورش گونه ‎های دام و طیور در دنیا محسوب می شود. در حال حاضر، اکوتیپ های مختلفی از گوسفند های بومی در مناطق جغرافیایی مختلف کشور مورد نگهداری قرار می گیرند که به لحاظ ویژگی های ظاهری و تولیدی تفاوت های آشکاری با یکدیگر دارند. تاکنون مطالعه جامعی در سطح کل ژنوم برای شناسایی تنوع ژنتیکی گوسفندان بومی ایران صورت نگرفته است. لذا هدف این مطالعه شناسایی ویژگی های ژنومیکی این ذخایر بومی بمنظور سازماندهی برنامه های مناسب برای بهره برداری و حفاظت از آنها است. مواد و روش ها: در این مطالعه توالی های کل ژنوم ۲۹ راس گوسفند بومی ایران از پایگاه دادهNCBI دانلود و آنالیز شد. توالی یابی کل ژنوم داده های مطالعه شده به صورت Paired-End توسط دستگاه های توالی یاب Hiseq۲۰۰۰ و Hiseq X Ten انجام شده است. کنترل کیفیت توالی داده های خام توسط برنامهFastQC انجام شد. برای همردیفی توالی داده ها با ژنوم مرجع گوسفند (Oar v.۴.۰, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_۰۰۰۲۹۸۷۳۵.۲)از الگوریتم BWA-MEM بکار برده شده در بسته نرم افزاری BWA استفاده شد. برای حذف PCR duplicates از خروجی های همردیفی از برنامه Picard استفاده شد. پردازش خروجی های همردیفی با ژنوم مرجع در دو مرجله شامل همردیفی مجدد حذف و اضافه های کوچک و کالیبره کردن مجدد نمره کیفیت باز با استفاده از برنامه GATK انجام شد. میانگین عمق پوشش و درصد همردیفی برای خروجی همردیفی با ژنوم مرجع با استفاده از دستور های depth و flagstatبه کار برده شده در نرم افزارsamtools محاسبه شد ند. چندریختی های تک نوکلئوتیدی (SNPs) توسط ابزار UnifiedGenotyper بکار رفته در برنامه GATK شناسایی شد ند. مقادیر تنوع نوکلئوتیدی و ضریب همخونی ژنومی بر اساسSNP های هموزیگوت برای هر فرد با استفاده از دستور het به کار رفته در برنامهVCFtools محاسبه شد ند.نتایج: میانگین عمق پوشش داده های استفاده شده در این مطالعه X ۳۹/۱۸ بود. میانگین درصد همردیفی توالی های کوتاه با ژنوم مرجع گوسفند ۸۹/۹۹ درصد بدست آمد. مقادیر ضریب همخونی ژنومی در نژاد های گوسفندان بومی ایران از ۰۱/۰ تا ۱۲/۰ متغیر بود. کمترین مقدار ضریب همخونی ژنومی در ژنوم گوسفند مغانی مشاهده شد (۰۱/۰) و بیشترین مقدار ضریب همخونی در ژنوم گوسفند افشاری مشاهده شد. همچنین مقادیر میانگین درصد هتروزیگوسیتی مشاهده و مورد انتظار محاسبه شده برای چند ریختی های تک نوکلئوتیدی در ژنوم اکوتیپ های گوسفندان بومی ایران از ۶۷/۲۰ تا ۰۶/۲۳ و ۴۱۵/۳۲ تا ۴۲۱/۳۲ متغیر بود.

شناسایی تنوع ژنوم در نژاد های گوسفندان بومی ایران با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم Keywords:

گوسفندان بومی ایران , توالی یابی کل ژنوم , چند ریختی های تک نوکلئوتیدی

شناسایی تنوع ژنوم در نژاد های گوسفندان بومی ایران با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم authors

حجت اسدالله پورنعنایی

پژوهشگر دوره پسا دکترا، بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران

مسعود اسدی فوزی

دانشیار بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران.

زینب امیری

بخش تحقیقات علوم دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان فارس، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، شیراز، ایران

محمدحسین بنابازی

محقق ارشد، گروه ژنتیک کمی، دپارتمان ژنتیک و اصلاح نژاد دام، دانشکده دامپزشکی و علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی سوئد، اوپسلا، سوئد، استاد یار پژوهشی، بخش پژوهش های بیوتکنولوژی، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

بازگیر حمیده، اسماعیلی زاده کشکوئیه علی، امیری قنات سامان زینب، ...

جعفری احمدآبادی سید علی اصغر، عسکری همت حشمت اله، محمدآبادی ...

راستی فر مهدیه، نجاتی جوارمی اردشیر، مرادی محمد حسین، عبداللهی ...

شکری سمیرا، خضری امین، محمدآبادی محمدرضا، خیرالدین حمید (۱۴۰۲) بررسی ...

شمس الدینی نژاد هادی، بحرینی بهزادی محمد رضا (۱۳۹۵) بررسی ...

عرب پور رق آبادی زهرا، محمدآبادی محمدرضا، خضری امین (۱۴۰۰) ...

محمدی حسین، نجفی ابوذر ، شمس اللهی محمد (۱۴۰۱) مطالعه ...

محمدی حسین، رافت سید عباس، مرادی شهربابک حسین و همکاران ...

محمدی فر آمنه، محمدآبادی محمدرضا (۱۳۹۰) کاربرد نشانگرهای ریزماهواره برای ...

محمودی مریم، آیت اللهی مهرجردی احمد، محمدآبادی محمدرضا (۱۳۹۶) بررسی ...

مرادی محمد حسین، فراهانی امیر حسین، نجاتی جوارمی اردشیر (۱۳۹۶) ...

میرزاپور آبی بگلو عباس، هدایت نعمت، خلخالی ایوریق رضا و ...

یوسفی زهره، بیگی نصیری محمد تقی، مرادی محمد حسین، عبداللهی ...

ReferencesAbdoli R, Mirhoseini SZ, Hossein-Zadeh NG et al. (۲۰۱۹) Genome-wide ...

Almasi M, Zamani P, Mirhoseini SZ, Moradi MH (۲۰۲۰) Genome-wide ...

Amiri Roudbar M, Mohammadabadi MR, Mehrgardi AA, Abdollahi-Arpanahi A (۲۰۱۷) ...

Arabpour Z, Mohammadabadi M, Khezri A (۲۰۲۱) The expression pattern ...

Bazgir H, Esmaeelizadeh A, Amiri Z, Asadi Fouzi M (۲۰۲۱) ...

Danecek P, Auton A, Abecasis G et al. (۲۰۱۱) The ...

Dashaba GR, Aslaminejada A, Nassiria M et al. (۲۰۱۱). Analysis ...

Engelsma KA, Veerkamp RF, Calus MPL, Windig JJ (۲۰۱۱) Consequences ...

Esmaeilkhanian S, Banabazi MH (۲۰۰۶) Genetic variation within and between ...

Esmaeilkhanian S, Negati-Javaremi A, Afraz F et al. (۲۰۰۷) Genetic ...

Ghasemi M, Zamani P, Vatankhah M, Abdoli R (۲۰۱۹) Genome-wide ...

Gholizadeh M, Rahimi-Mianji G, Nejati-Javaremi A (۲۰۱۵) Genome wide association ...

Jafari Ahmadabadi SAA, Askari-Hemmat H, Mohammadabadi M, et al. (۲۰۲۳) ...

Kijas JW, Townley D, Dalrymple BP, et al. (۲۰۰۹) A ...

Li H, Durbin R (۲۰۰۹) Fast and accurate short read ...

Li H, Handsaker B, Wysoker A et al. (۲۰۰۹) The ...

Mahmoudi M, Ayatollahi Mehrjardi A, Mohammad Abadi MR (۲۰۱۶) Examining ...

Manzari Z, Mehrabani‐Yeganeh H, Nejati‐Javaremi A et al. (۲۰۱۹) Detecting ...

Masoudzadeh SH, Mohammadabadi MR, Khezri A, et al. (۲۰۲۰) Dlk۱ ...

McKenna A, Hanna M, Banks E et al. (۲۰۱۰) The ...

Mohamadipoor Saadatabadi L, Mohammadabadi M, Amiri Ghanatsaman Z et al. ...

Mohammadabadi M, Masoudzadeh SH, Khezri A, et al. (۲۰۲۱) Fennel ...

Mohammadabadi MR (۲۰۱۶). Inter-Simple Sequence Repeat Loci associations with predicted ...

Mohammadi H, Najafi A, Shamsollahi M (۲۰۲۳) Genome wide association ...

Mohammadi H, Rafat SA, Moradi Shahrbabak H) ۲۰۱۸( Genome-wide analysis ...

Mohammadifar A, Mohammadabadi MR (۲۰۱۱) Application of Microsatellite Markers for ...

Molaee V, Osfoori R, Eskandari Nasab MP, Qanbari S (۲۰۰۹) ...

Moosanezhad Khabisi M, Esmailizadeh A, Asadi Fozi M (۲۰۲۲) Evaluation ...

Moradi MH, Farahani AH, Nejati-Javaremi A (۲۰۱۷) Genome-wide evaluation of ...

Nakazato T, Ohta T, Bono H (۲۰۱۳) Experimental design-based functional ...

Nanekarani S, Amirinia C, Amirmozafari N, et al. (۲۰۱۰) Genetic ...

Rastifa M, Nejati-Javaremi A, Moradi MH, Abdollahi-Arpanahi R (۲۰۱۵) Identification ...

Ruiz-Larrañaga O, Nanaei HA, Montes I et al. (۲۰۲۰) Genetic ...

Safaei SMH, Dadpasand M, Mohammadabadi M, et al. (۲۰۲۲) An ...

Seidani ES, Amirinia C, Lavaf A et al. (۲۰۰۹) Genetic ...

Shahsavari M, Mohammadabadi M, Khezri A, et al. (۲۰۲۲) Effect ...

Shamsaddini Nejad H, Bahreini Behzadi MR (۲۰۱۶) A study on ...

Shokri S, Khezri A, Mohammadabadi M, Kheyrodin H (۲۰۲۳). The ...

Soma P, Kotze A, Grobler JP, van Wyk JB (۲۰۱۲) ...

Vahidi SMF, Faruque MO, Falahati Anbaran M et al. (۲۰۱۶) ...

Yousefi Z, Beigi Nasiri M T, Moradi MH et al. ...

Zahedi Z, Esmaeelkhanian S, Vaez Torshizi R (۲۰۰۷) Microsatellite variation ...

Zeder MA (۲۰۰۸) Domestication and early agriculture in the Mediterranean ...

Zhang H, Wang SZ, Wang ZP, Da Y et al. ...

نمایش کامل مراجع