بررسی تغییرات فیلوژنتیکی در ژن ORF۹b ویروس های SARS-CoV-۲ جداسازی شده در ایران

مقدمه: پروتئین  ORF۹b  که یک پروتئین جانبی ویروس سارس-۲  (SARS-CoV-۲) می باشد از طریق مکانیسم هایی می تواند در بیماری زایی ویروس نقش داشته باشد. جهش در این ناحیه ژنی کد کننده می تواند بر عملکرد پروتئین و شدت بیماری اثر بگذارد. بنابراین در این مطالعه به بررسی جهش ها در ژن ORF۹b ویروس های سارس-۲  جداسازی در ایران می پردازیم. مواد و روش ها: توالی های ORF۹b مربوط به ویروس های سارس-۲  جداسازی شده در ایران که در پایگاه اطلاعاتی مرکز ملی اطلاعات زیست فناوری (National Center for Biotechnology Information) یا  به اختصار NCBI ثبت شده بودند و همچنین توالی ORF۹b سویه ووهان به عنوان سویه مرجع استخراج گردید. تغییرات اسید آمینه ای بررسی و همچنین درخت فیلوژنتیکی توالی های استخراج شده با سویه مرجع ووهان با استفاده از نرم افزار مگا ورژن ۷ و روش نیبرجوینینگ رسم گردید. یافته ها: در نهایت تعداد ۲۴ توالی کامل ژنوم ویروس سارس -۲ از NCBI استخراج گردید. بررسی در سطح اسید آمینه نشان داد که ORF۹b مربوط به ویروس هایی که به تازگی جداسازی شده اند نسبت به سویه مرجع ووهان دچار تغییراتی شده اند. ۳ تا از این تغییرات، در ناحیه اتصال این پروتئین به(TOM۷۰)  Translocase Of Outer Mitochondrial Membrane ۷۰ بود. همچنین رسم درخت فیلوژنتیکی نشان داد با گذر زمان در سویه های جداسازی شده، ژن ORF۹b ویروس سارس-۲  متفاوت تر شده است. بحث و نتیجه گیری: با توجه به نقشی که پروتئین ORF۹b در پاتوژنز سارس-۲  دارد و جهش هایی که در این پروتئین رخ می دهد، پیشنهاد می شود تغییرات در این پروتئین ویروسی در انواع جدیدی که شناسایی شده اند، پایش شود.

Keywords:

SARS-CoV-۲ , ORF۹b , Iran , ORF۹b , SARS-CoV-۲ , ایران