بررسی تاثیر داروی سیپروفلوکساسین بر ساختار پروتئین رودوپسین با استفاده از روش محاسباتی داکینگ مولکولی
Publish Year: 1402
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 290
This Paper With 11 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_SHIMU-31-4_008
Index date: 28 January 2024
بررسی تاثیر داروی سیپروفلوکساسین بر ساختار پروتئین رودوپسین با استفاده از روش محاسباتی داکینگ مولکولی abstract
مقدمه: آنتی بیوتیک سیپروفلوکساسین در درمان سمیت شبکیه چشم یا رتینوپاتی استفاده می شود. در این مقاله، تاثیر داروی سیپروفلوکساسین بر ساختار پروتئین رودوپسین و پایداری و یا ناپایداری این پروتئین در حضور دارو بررسی می گردد. نوع پیوند دارو و پروتئین روی دفع و یا برهم کنش دارو با بافت های هدف موثر است.
مواد و روشها: در این پژوهش، با استفاده از نرم افزار داکینگ می توان به مولفه های ترمودینامیکی در برهم کنش های پروتئین رودوپسین با داروی سیپروفلوکساسین دست یافت. مطالعات داکینگ بهوسیله نرم افزار AutoDock vol.۴.۲ انجام گرفت. به منظور مشاهده داکینگ انجام شده، از نرم افزارهای گرافیکی Pymol و Ligplot و VMD استفاده شد.
یافته های پژوهش: بر اساس نتایج به دست آمده از مطالعات داکینگ، مهم ترین پیوند درگیر در اتصال داروی سیپروفلوکساسین با پروتئین رودوپسین، اتصالات هیدروفوب و پیوند هیدروژنی است. برآورد انرژی های آزاد گیبس (kcal/mol) برای بهترین مدل داکینگ برابر با ۵/۶- است. این مدل با پایین ترین سطح انرژی اتصال، بیشترین تمایل برای اتصال به آمینواسیدهای رودوپسین دارد و مقادیر منفی ΔG°نشان دهنده یک فرایند خودبه خودی است.
بحث و نتیجه گیری: بر اساس نتایج به دست آمده از داکینگ، جایگاه A پروتئین رودوپسین جایگاه مناسبی برای اتصال سیپروفلوکساسین به این پروتئین است و کمپلکس سیپروفلوکساسین با پروتئین رودوپسین می تواند سبب بازسازی رودوپسین شود تا بتواند فرایند دیدن را به طور معمول آغاز کند. درواقع، پیوند هیدروژنی قوی میان اتم نیتروژن موجود در ساختار سیپروفلوکساسین با اسیدآمینه آرژنین، نقش مهمی در تثبیت و پایدارسازی کمپلکس ایفا می نماید.
بررسی تاثیر داروی سیپروفلوکساسین بر ساختار پروتئین رودوپسین با استفاده از روش محاسباتی داکینگ مولکولی Keywords:
بررسی تاثیر داروی سیپروفلوکساسین بر ساختار پروتئین رودوپسین با استفاده از روش محاسباتی داکینگ مولکولی authors
مهدیه صادق پور
Dept of Chemistry, Qazvin Branch, Islamic Azad University, Qazvin, Iran
منیر شالبافان
Dept of Chemistry, Imam Khomeini International University, Qazvin, Iran
خدیجه علویری
Dept of Pharmacology, School of Pharmacy, Tehran Medical Sciences, Islamic Azad University, Tehran, Iran
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :