پویش کل ژنومی مرتبط با صفات سن میش در اولین بر ه زایی و فاصله بین دو زایش در گوسفندان زندی

هدف: سن میش در اولین زایش و فاصله بین دو زایش از مهم ترین صفات تولیدمثلی موثر بر سودآوری سیستم های پرورش گوسفند است. فلذا هدف پژوهش حاضر، شناسایی مناطق ژنومی موثر بر سن میش در اولین بره زایی و فاصله بین دو زایش میش های نژاد بومی زندی با استفاده از آرایه های ژنومی ۵۰K می باشد.مواد و روش ها: بدین منظور از اطلاعات ژنوتیپی ۹۶ راس از میش های نژاد زندی و رکوردهای فنوتیپی مرتبط با صفات مورد مطالعه استفاده گردید. مراحل مختلف کنترل کیفی و شناسایی نشانگرهای SNP مستقل بوسیله نرم افزار PLINK انجام شد. پس از مراحل مختلف کنترل کیفی، ۹۴ راس حیوان و ۳۶۰۷۰ نشانگر برای آنالیزهای بعدی شناسایی شدند. آنالیز پویش کل ژنومی بر پایه مدل خطی مختلط برای صفات تولیدمثلی در نرم ا فزار GEMMA انجام شد. سپس با استفاده از نرم افزار Genome Data Viewer پایگاه برخط NCBI براساس آخرین اسمبلی (ARS-UI_Ramb_v۲.۰) ژن های معنی داری که در داخل و یا ۳۰۰ کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنی دار قرار داشتند، شناسایی شدند. در نهایت، برای شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن های نزدیک به مناطق انتخابی از طریق پایگاه های برخط GeneCards و UniProtKB استفاده شد.نتایج: در این پژوهش تعداد هفت نشانگر تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزوم های ۱، ۲، ۳، ۶، ۱۱ و ۲۳ شناسایی شدند. همچنین ژن های UMPS، ITGB ، SMARCAL۱ ، APAF۱، UGT۸ و ST۸SIA۵ که با صفات تولید مثلی در ارتباط هستند، در این مناطق قرار داشتند. برخی از این ژن های شناسایی شده در مناطق ژنومی معنی دار با مطالعات قبلی هم خوانی داشت. با بررسی های بیشتر در پایگاه های برخط نشان داد شناسایی شده نقش مهمی در فرآیند تخمک اندازی، رشد و توسعه عضلات اسکلتی، رشد ابتدایی جنین و سن بلوغ داشتند. نتیجه گیری: نتایج این تحقیق می تواند در درک ساز و کار ژنتیکی کنترل کننده صفات تولیدمثلی مورد استفاده قرار گیرد و با توجه به تایید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافته های این پژوهش می تواند در انتخاب ژنتیکی گوسفند از طریق کاهش سن میش در اولین بره زایی مفید باشد.

Keywords:

آنالیز پیوستگی , صفات تولیدمثلی , گوسفند , ناحیه ژنومی