پویش ژنومی برای شناسایی تنوع تعداد کپی در اسب های کاسپین و ترکمن
Publish place: Journal of Animal science، Vol: 33، Issue: 4
Publish Year: 1402
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 17
This Paper With 17 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_ANIMAL-33-4_003
تاریخ نمایه سازی: 29 فروردین 1403
Abstract:
زمینه مطالعاتی: تنوع تعداد کپی (CNV) همراه با چند شکلی های تک نوکلئوتیدی(SNPs) ، نقش کلیدی در تنوع ژنتیکی در گونه های اهلی ایفا می کنند. با این وجود در مورد تنوع تعداد کپی در اسب ایرانی اطلاعات کمی موجود است. روش کار: در این مطالعه، شناسایی CNV ها و نواحی مرتبط به تنوع تعداد کپی (CNVR) های موجود در ژنوم اسب های کاسپین و ترکمن بر اساس داده های SNP آرایه اسب (Equine۷۰k) انجام شد. نتایج: در مجموع تعداد ۲۰۲ و ۱۰۵ به ترتیب CNV و CNVRs در اسب های مورد مطالعه شناسایی شدند که ۰۸/۱ درصد ژنوم اسب را پوشش می دهند. تنوع تعداد کپی در نژاد اسب کاسپین نسبت به نژاد اسب ترکمن ۶/۱ برابر بیشتر بود. همچنین متوسط طول تنوع تعداد کپی در نژاد کاسپین بزرگتر از نژاد ترکمن بود. در هر دو نژاد تعداد رخداد ژنتیکی اضافه نسبت به رخداد ژنتیکی حذف بیشتر بود. در اسب های نژاد کاسپین کروموزم های شماره یک، سه و دوازده و در اسب های نژاد ترکمن کروموزوم شماره یک، شش و دوازده به ترتیب بیشترین تغییر در تعداد کپی را نشان دادند. آنالیز عملکردی نشان داد که نواحی CNVR های شناسایی شده با ۴۳۴ ژن همپوشانی داشتند که بیشتر این ژن ها در بین نمونه های اسب دو نژاد مشترک بودند(بیش از ۶۰ درصد). همچنین آنالیز KEGG چندین مسیر بیولوژیکی از جمله حس بویایی، محرک شیمیایی، پردازش آنتی ژن و مسیر سیگنال دهی پروتئین G را نشان داد. نتیجه گیری نهایی: این اولین گزارش CNV در اسب های های ترکمن و کاسپین است و یافته های این تحقیق می توانند اطلاعات ارزشمندی را برای درک بهتر ژنوم اسب و هم چنین ارتباط صفات مهم عملکردی با CNVR ها و ژن های همراه آن ها در مطالعات آتی در نژادهای اسب را فراهم نمایند.
Keywords:
Authors
سمیه منوچهر
دانشگاه منابع طبیعی ساری
قدرت اله رحیمی میانجی
گروه علوم دامی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
سید حسن حافظیان
گروه علوم دامی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
محمد باقر زندی باغچه مریم
گروه علوم دامی دانشگاه زنجان
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
