شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) برای ماهی گطان (Luciobarbus xanthopterus) بر پایه داده های RNA-Seq

این پژوهش به منظور شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) مربوط به گونه ماهی گطان (Luciobarbus xanthopterus) با استفاده از داده های RNA-Seq انجام شد. پس از جداسازی بافت کبد، استخراج RNA از نمونه ها انجام گرفت. نمونه ها با استفاده از پلتفرم ایلومینا Novaseq ۶۰۰۰ توالی یابی شدند. برای بازسازی رونوشت ها، از نرم افزار Trinity (نسخه ۲.۱۵.۱) استفاده شد. شناسایی SSRs با استفاده از از پایگاه MISA انجام شد. پرایمرهای مورد نیاز در واکنش زنجیره ای پلیمراز برای ۵ نشانگر SSR با نرم افزار PRIMER ۳ طراحی و بر ۴۵ ماهی گطان مورد ارزیابی قرار گرفت. سرهم بندی رونوشت ها با برنامه Trinity، ۹۴۱،۸۹۴ یونی ژن و ۱،۷۶۸،۶۶۲ ترانسکریپت ایجاد کرد. در این مطالعه، بررسی ۱،۲۷۶،۸۲۵ توالی به وسیله نرم افزار MISA، منجر به شناسایی تعداد ۳۴۹،۸۷۱ نشانگر SSR شد. در میان SSRs ، تکرارهای دو و سه نوکلئوتیدی به ترتیب با ۳۷/۸۹ درصد و ۰۵/۸ درصد، بیشترین تعداد تکرار را به خود اختصاص دادند. ۵ پرایمر مورد استفاده، ۲ جایگاه چندشکلی را نشان دادند. هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده برای جایگاه MN۱۳۵۹ به ترتیب ۷۸۵/۰ و ۱۴۷/۰ و برای جایگاه GM۱۳۷۱ به ترتیب ۷۷۰/۰ و ۰۹۳/۰ محاسبه شد. به علاوه، آزمون کای مربع نشان داد که جمعیت برای هر دو جایگاه در تعادل هاردی-وینبرگ قرار ندارد. نتایج ارزیابی معیار های مختلف تنوع ژنتیکی همگی گویای کاهش تنوع در بین جمعیت مورد مطالعه بود. به طور کلی، نتایج این تحقیق نشان داد که SSRs جدید می توانند برای اصلاح نژاد، مطالعات ژنومیک عملکردی و بررسی تنوع ژنتیکی ماهی گطان مفید باشند.

Keywords:

گطان , RNA-seq , ترانسکریپتوم , توالی های ساده تکراری