تحلیل تبارزائی ویروس ای مو (Grapevine virus A) از باغات انگور استان خراسان رضوی براساس بخشی از چارچوب ژنی ORF۵

ویروس ای مو (Grapevine virus A; GVA) از اعضای جنس Vitivirus و یکی از مهم ترین عوامل ایجاد روگوز (چروکیدگی) چوب در مو است. در طول سال های ۱۳۹۸ تا ۱۴۰۰، مجموعا ۷۹ نمونه برگی دارای علائم زردی و قرمزی برگ و زوال در تاکستان های استان خراسان رضوی (بردسکن، کاشمر، خلیل آباد و محمدیه)، جمع آوری شد. آلودگی اولیه نمونه ها به GVA با استفاده از آزمون الایزا مستقیم بررسی و تایید نهایی نتایج با آزمون RT-PCR و توسط آغازگرهای اختصاصی پروتئین p۱۰ (ORF۵) انجام شد. استخراج RNA از تراشه های پوست سبز ساقه و برگ های جوان مو، با استفاده از بافر CTAB انجام شد. GVA در ۱۴ نمونه، توسط آزمون الایزا تشخیص داده شد و با استفاده از RT-PCR، در ۱۴ نمونه قطعه ای به طول ۲۳۸ جفت باز از پروتئین p۱۰ تکثیر شد. محصولات تکثیر شده از چهار نمونه پس از خالص ­سازی از ژل، به حامل pTG۱۹-T الحاق و پلاسمیدهای نوترکیب پس از انتخاب، در هر دو جهت توالی یابی شدند. ترادف­ های به­ دست آمده با ترادف­ های موجود در بانک ژن مقایسه و شباهت نوکلئوتیدی ۹۵-۷/۸۵ درصد بود. درخت تبارزائی بر پایه پروتئین p۱۰ نشان داد که چهار گروه اصلی وجود دارند و جدایه های خراسان رضوی در گروه چهارم قرار می گیرند. مقایسه توالی پروتئین p۱۰ جدایه های ایرانی با سایر جدایه ها نشان داد که منطقه پایداری در ناحیه N-ترمینال وجود دارد که شامل موتیف غنی از آرژنین و سپس موتیف انگشت روی است. در استان خراسان رضوی مطالعات زیادی روی سایر ویروس های مو صورت گرفته است، اما این اولین مطالعه در خصوص تبارزایی جدایه های GVA در تاکستان های استان خراسان رضوی می باشد.

Keywords:

الایزا , تحلیل تبارزائی , موتیف , واکنش زنجیره ای پلی مراز معکوس , ORF۵