بررسی پروفایل بیانی ژن های درگیر در مقاومت به خشکی در گیاهچه های سیب زمینی

بهبود مقاومت به خشکی در گیاه سیب زمینی و پرورش واریته های مقاوم به خشکی راهکارهای مهمی برای کاهش این اثرات منفی است. بررسی مکانیسمهای مقاومت به خشکی و شناسایی ژنهای مقاوم به خشکی راه های مفیدی برای دستیابی به این هدف است. هدف این مطالعه، استفاده از استراتژی بیوانفورماتیکی برای شناسایی ژنهای مقاوم به خشکی در سیب زمینی است. بدین منظور، بیان افتراقی mRNAها را در گیاهان سیب زمینی با آنالیز داده GSE۶۱۰۰۴ برای RNA-seq در نرم افزار R بررسی شد. معیار انتخاب ژنهای با تغییر بیان |logFC|>۱و معناداری کمتر از ۰/۰۵ است. در مطالعه حاضر، تعداد ۳۹۶ ژن با تغییر بیان ۱۹۱) با افزایش بیان و ۲۰۵ با کاهش بیان) غربالگری شد. ژنهای فروتنظیمی شده شامل: پروتئین مرگ برنامه ریزی شده سلول قابل القا با آرشیدونیک اسید، پروتئین اکسپنسین، اندوزایلوگلوکان ترانسفراز، آکواپورین، پروتئین سیکلین، فاکتور رونویسی MYB و پروتئین ناقل لیپید هستند. از مهمترین ژن های فراتنظیمی آنالیز شده شامل زیرواحد بزرگ آنزیم گلوکز پیروفسفریلاز و پروتئین های شوک گرمایی بودند. نتایج این تحقیق شناسایی ۳۹۶ ژن کلیدی در گیاهچه های سیب زمینی تحت تنش خشکی بود. این بررسی بیوانفورماتیکی میتواند دیدگاه جدیدی را برای تعیین مکانیسمهای بالقوه درگیر در مقاومت به تنش خشکی در گیاهان پیشنهاد دهد.

Keywords:

آکواپورین , پروتئین شوک گرمایی , خشکی , سیب زمینی