امروزه اصلی ترین معیار تعیین جایگاه علمی کشورها، میزان مشارکت در تولید علم، فناوری و نوآوری و نقشی است که آن کشور در روند توسعه علمی جهانی ایفا می نماید. توسعه مبتنی بر دانایی مستلزم فراهم ساختن زمینه های رشد و ارتقای دانش در مراکز علمی و پژوهشی کشور و تبدیل یافته های پژوهشی به محصولات و روشهای جدید است. لذا میزان واحدهای پژوهشی فعال موجود در هر کشور یکی از شاخص های مهم ارزیابی وضعیت پژوهشی آن کشور میباشد. نگاهی به گذشته نشان می دهد که با پیشرفت جوامع و گذر از جامعه سنتی به جامعه صنعتی، فرایند
پژوهش هم از حیطه فعالیتهای متفرقه و پراکنده خارج شده و شکل نهادی و قانونی گرفته است که این شکل را امروزه در قالب نهادهایی همچون مؤسسات و
مراکز پژوهشی می بینیم. در این مقاله سعی شده، ضمن نگرشی به تاریخچه و روند رشد مؤسسات پژوهشی ، به بررسی مهمترین چالشهای
مراکز پژوهشی در حوزه سازمانی عبارتنداز: مدیریت ناکارآمد، مشکلات مالی در مراکز پژوهشی، هماهنگ نبودن برنامه های توسعه با برنامه های پژوهش، نبود معیاری برای سنجش تحقیقات علمی
مراکز پژوهشی و عدم سیاست تشویق وترغیب مناسب، نبود یک سند ملی جامع در حوزه پژوهش، نبودن ارتباط بین مراکز علمی داخلی و خارجی و عدم ارتباط بین محققان ، تمرکز گرایی تحقیقات در سازمان های دولتی، بروکراسی در مراکز پژوهشی، مشکلات مربوط به کتابخانه و نبودن مراکز بایگانی مدارک علمی ، مقررات مربوط به محققان و نویسندگان و کمبود مراکز چاپ معتبر معتبراشاره گردد و نهایتاً راهکارهای عملیاتی برای برون رفت از این وضعیت ارائه می شود.