شناسایی miRNAها و ژنهای هدف مرتبط با آنها در گیاه شبدر قرمز (Trifolium pratense)
Publish place: Iranian Journal of Rangelands and Forests Plant Breeding and Genetic Research، Vol: 26، Issue: 2
Publish Year: 1397
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 37
This Paper With 10 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJRFP-26-2_001
تاریخ نمایه سازی: 29 شهریور 1403
Abstract:
DOR: ۹۸.۱۰۰۰/۱۷۳۵-۰۸۹۱.۱۳۹۷.۲.۱۵۵.۵۲.۲۶.۱۵۸۸.۴۱ میکروآرناها (miRNA) یک رده از RNAهای تنظیمکننده کوچک درونی و غیرکدکننده پروتئینی که متشکل از حدود ۱۸-۲۲ نوکلئوتید بوده و تنظیم بیان ژن را در سطح رونویسی و پس از رونویسی ژن بر عهده دارند و طبق تحقیقات انجام شده نقشهای اساسی در فرایندهای نموی، زمان گلدهی و پاسخ به تنشهای زیستی و غیرزیستی ایفا میکنند. تاکنون روشهای متفاوتی برای شناسایی miRNAها، معرفی شده است که عبارتند از: روش نورترن بلات، ریزآرایه، qRT-PCR و روشهای بیوانفورماتیکی. در این میان ساده ترین و کم هزینهترین روش شناسایی miRNAها، روش بیوانفورماتیکی میباشد. در این مطالعه با یک رویکرد بیوانفورماتیکی با هدف شناسایی miRNA متمایز در گیاه شبدر قرمز مبتنی بر جستجوی همولوژی بین ESTهای گیاه شبدر قرمز و miRNAها انجام شد. بهطوری که ابتدا در آن همه توالیهای ESTهای گیاه شبدر قرمز از بانک اطلاعاتی NCBI در برابر miRNAهای شناخته شده BLASTn شدند که در نهایت یک miRNA کاندید متمایز در گیاه شبدر قرمزشناسایی شد. در مجموع شش ژن هدف پیشبینی شده برای این miRNA نیز شناسایی شد و این ژنهای هدف عمدتا کدکننده مونود هیدرو اسکوربات ردوکتاز۱ ) برقراری تعادل گونههای فعال اکسیژن در چرخه اسکوربات-گلوتاتیون(، پروتئین FES۱ )یک پروتئین حاوی دومین انگشت روی چسبنده به DNA)، پروتئین RHF۲A )یوبی کوئیتین لیگاز E۳ دخیل در پیشبرد گامتوژنز(، RNA هلیکاز وابسته به ATP )تعمیر و متابولیسم RNA)، پروتئینهای انتقالی MFS )تسهیلکننده حرکت املاح کوچک از عرض غشای سلولی در پاسخ به گرادیانت شیمواسمزی( و در نهایت پروتئین AT-hook )یک موتیف متصل شونده به (DNA نیز بودند.
Keywords:
Authors
M. R. Naghavi
نویسنده و مسئول مکاتبات، استاد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران mnaghavi@ut.ac.ir : پست الکترونیک
A. A. Karimi
دانشجوی کارشناسی ارشد، بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
