تجزیه بیان ژن به روش توالی یابی RNA

معصومه شریفی علیشاه; رضا درویش زاده; محمد احمدآبادی; یاسر پیری کشتیبان; کریم حسن پور

تجزیه بیان ژن به روش توالی یابی RNA

Publish place: Modares Journal of Biotechnology، Vol: 10، Issue: 4

Publish Year: 1398

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 9 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/2141193

Document National Code:

JR_BIOT-10-4_013

Index date: 24 December 2024

تجزیه بیان ژن به روش توالی یابی RNA abstract

رمزگشایی توالی DNA برای همه شاخه های علوم زیستی، حیاتی است. توالی یابی نسل جدید (NGS)، رویکردی متفاوت در توالی یابی است که تحولی عظیم در علم زیست شناسی ایجاد کرده و جنبه های مختلفی از مطالعات در سطح ژنوم، ترنسکریپتوم، اپی ژنوم و متاژنوم را پوشش می دهد. در مقایسه با روش های سنتی، نسل جدید توالی یابی، با فراهم کردن پوشش بالای ژنومی، تفکیک پذیری در حد تک تک جفت بازها و رفع معایب نسل اول توالی یابی (توالی یابی سانگر)، روشی با کارآیی بالا برای آنالیز اطلاعات ژنومی و ترنسکریپتومی است. استفاده از نسل جدید توالی یابی برای بررسی ترنسکریپتوم موجودات زنده مدل و غیرمدل از سال های ۲۰۰۵ و ۲۰۰۶ پس از تجاری شدن دستگاه های شرکت های مختلف مثل ABI/SOLiD Illumina، Roch/۴۵۴ Life Science و Solexa آغاز شده است. در سالهای اخیر تکنیک توالی یابی RNA برای شناسایی ژنهای مرتبط با فرآیندهای رشدونموی و بررسی الگوهای بیان آنها در پاسخ به انواع تنشهای زیستی و غیرزیستی، در اندامها و مراحل متعدد رشدی در موجودات مختلف و همچنین میزان بیان ژن ها، تفکیک ایزوفرم های مختلف از یکدیگر، شناسایی امتزاج ژن ها، یافتن چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (SNP)، عناصر تکراری، وقایع اتصال جایگزین، پیداکردن اسیدهای ریبونوکلئیک غیررمزگر، پیداکردن اگزون های ژنی و رونوشت های جدید، مناطق غیرترجمه شونده (UTR)، جهش های پیکری و غیره، به طور گسترده استفاده میشود. روش توالی یابی RNA شامل شناسایی نمونه های زیستی مناسب، استخراج RNAکل، غنی سازی RNAهای غیرریبوزومی، تبدیل RNA به cDNA و ساخت کتابخانه های توالی یابی، انتخاب قطعات براساس اندازه، اضافه کردن لینکرها، استفاده از توالی یاب ها یا پلت فرم های با توان عملیاتی بالا به منظور تولید صدها میلیون خوانش کوتاه، استفاده از نرم افزارهای خاصی به منظور کنترل کیفیت و تطابق خوانش ها با ژنوم مرجع یا ترنسکریپتوم، نقشه بردای و آنالیزهای پایین دستی است.

تجزیه بیان ژن به روش توالی یابی RNA Keywords:

Gene Expression , High-Throughput Nucleotide Sequencing , RNA-Seq , Transcriptome , بیان ژن , ترنسکریپتوم , NGS , توالی یابی RNA

تجزیه بیان ژن به روش توالی یابی RNA authors

معصومه شریفی علیشاه

Plant Breeding & Biotechnology Department, Agriculture Faculty, Urmia University, Urmia, Iran

رضا درویش زاده

“Institute of Biotechnology” and “Plant Breeding & Biotechnology Department, Agriculture Faculty”, Urmia University, Urmia, Iran

محمد احمدآبادی

Agricultural Biotechnology Department, Agriculture Faculty, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran

یاسر پیری کشتیبان

Agricultural Biotechnology Department, National Center of Genetic Engineering, Tehran, Iran

کریم حسن پور

Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, University of Tabriz, Tabriz, Iran

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

Berglund EC, Kiialainen A, Syvänen AC. Next-generation sequencing technologies and ...

Quail MA, Smith M, Coupland P, Otto TD, Harris SR, ...

Xiong M, Zhao Z, Arnold J, Yu F. Next-generation sequencing. ...

Liu T, Zhu S, Tang Q, Chen P, Yu Y, ...

Morozova O, Marra MA. Applications of next-generation sequencing technologies in ...

Liu J, Zhou Y, Luo C, Xiang Y, An L. ...

Mahmoudi P, Moieni A, Khayam Nekoei SM, Mardi M, Hosseini ...

Mansouri M, Naghavi MR, Alizadeh H, Mohammadinejad G, Mousavi SA, ...

Dang ZH, Qi Q, Zhang HR, Li HY, Wu SB, ...

Zhou Y, Yang P, Cui F, Zhang F, Luo X, ...

Mardis ER. A decade's perspective on DNA sequencing technology. Nature. ...

Griffith M, Walker JR, Spies NC, Ainscough BJ, Griffith OL. ...

Jazayeri SM, Melgarejo Muñoz LM, Romero HM. RNA-seq: A glance ...

Schliesky S, Gowik U, Weber AP, Bräutigam A. RNA-seq assembly-are ...

Soneson C, Delorenzi M. A comparison of methods for differential ...

Konczal M, Koteja P, Stuglik MT, Radwan J, Babik W. ...

Mortazavi A, Williams BA, McCue K, Schaeffer L, Wold B. ...

Sooknanan R, Pease J, Doyle K. Novel methods for rRNA ...

Shokralla S, Spall JL, Gibson JF, Hajibabaei M. Next‐generation sequencing ...

Steinbock LJ, Radenovic A. The emergence of nanopores in next-generation ...

Pease J, Sooknanan R. A rapid, directional RNA-seq library preparation ...

Chikhi R, Medvedev P. Informed and automated k-Mer size selection ...

Ramirez-Gonzalez RH, Leggett RM, Waite D, Thanki A, Drou N, ...

Haas BJ, Zody MC. Advancing RNA-seq analysis. Nat Biotechnol. ۲۰۱۰;۲۸(۵):۴۲۱-۳ ...

Fonseca NA, Rung J, Brazma A, Marioni JC. Tools for ...

Trapnell C, Williams BA, Pertea G, Mortazavi A, Kwan G, ...

Robinson MD, Oshlack A. A scaling normalization method for differential ...

Bullard JH, Purdom E, Hansen KD, Dudoit S. Evaluation of ...

Al Seesi S, Tiagueu YT, Zelikovsky A, Măndoiu II. Bootstrap-based ...

نمایش کامل مراجع