بررسی بیوانفورماتیک پروموتور خانواده های ژنی DREB1 و DREB2 در دوگیاه مدل آرابیدوپسیس و برنج

گروه های مختلفی از عوامل رونویسی و عناصر تنظیم کننده سیس مرتبط با آنها که در پاسخ به تنش در گیاهان نقش دارند شناسایی شده اند. مقایسه ی پروموتور این ژن های تنظیم کننده امکان شناسایی موتیف های مشترک و متفاوت موجود در پروموترهای آنها و نقش احتمالی آنها در چگونگی پاسخ به تنش را فراهم می نماید. عوامل رونویسی DREB از خانواده عامل رونویسی ERF/AP2 می باشد. DREB ها به دو زیرگروه DREB1/CBF و DREB2 تقسیم می شوند که هر دو به عناصر عملگر سیس DRE/CRT در پروموتور ژن های هدف متصل می گردند و به ترتیب در بیان ژن های درگیر در پاسخ به سرما و خشکی نقش دارند. در این پژوهش، به منظور شناسایی عناصر تنظیم کننده سیس، تعیین نقش احتمالی این عناصر در کارکرد ژن های DREB1 و DREB2 و مقایسه آنها بین آرابیدوپسیس و برنج آنالیز بیوانفورماتیکی و آماری پروموتورها و عناصر تنظیم کننده سیس مرتبط با آنها انجام شد. نتایج نشان داد که پروموتورهای DREB1 و DREB2 در برنج با هم تفاوت معنی داری ندارند، اما مقایسه سایر پروموتورها و خصوصاً پروموتورهای DREB1 آرابیدوپسیس و برنج تفاوت معنی داری برای تعدادی از عناصر عملگر سیس در سطح 5% نشان می دهند. همچنین به نظر می رسد حضور موتیف MYB1 binding site فقط در پروموتورهای DREB1 برنج را می توان به عنوان نشانه ای مرتبط با ویژگی های این گیاه در نظر گرفت.

Keywords:

عوامل رونویسی DREB , عناصر تنظیم کننده سیس , آنالیز پروموتور