شناسایی ژن های جدید خانواده ی cancer/testis antigens با دیدگاه بیورانفورماتیکی و محاسباتی

ژن های cancer/testis antigens به عنوان خانواده بزرگی از tumor-associated antigens محسوب می شون که بیان آنها دربافت نرمال به بیضه محدود می گردد و همچنین در اکثر سرطان ها با منشاء هیستولوژیکی مختلف گزارش شده است. تحقیقات زیادی نشان می دهد که از بیان این ژنها می تواند به عنوان بیومارکر برای پیش بینی، تشخیص زودهنگام و شناسایی مراحل مختلف سرطان استفاده کرد. هدف: از روش های محاسباتی و بیوانفورماتیکی برای شناسایی الگوی بیان CTAs که منجر به شناسایی بسیاری از ژن های جدید متعلق به این خانواده می شود می توان استفاده کرد. در این مطالعه ما با استفاده از پایگاه های داده های EST و SAGE و تعیین پارامترهای ویژه، به شناسایی و کاندید کردن چندین ژن ناشناخته به عنوان CTA جدید پرداختیم. روش: ابتدا با استفاده از اطلاعات پایگاه داده های کتابخانه ای cDNA، ژن ها و EST های مشترک بین بافت نرمال بیضه و انواع مختلف سرطان ها تعیین گردید. سپس با استفاده از پایگاه داده های SAGE تعداد ژن های کاندید خود را محدود کردیم. پس از آن با استفاده از EST های مشتق شده از CTA های شناسایی شده مورد نظر و انطباق EST های تعیین شده با کل ژنوم انسان چندین ژن را به عنوان CTA جدید کاندید کرده ایم. نتیجه: با استفاده از پارامترهای تعیین شده در ا ین مطالعه بیش از 30 ژن جدید که احتمالاً تعدادی از آنها متعلق به خانواده ی CTA باشند شناسایی شدند. این داده در مطالعات آزمایشگاهی مورد استفاده قرار می گیرند.

شناسایی ژن های جدید خانواده ی cancer/testis antigens با دیدگاه بیورانفورماتیکی و محاسباتی Keywords:

, SAGE , EST , cancer/testis antigens , بیومارکر