استفاده از الگوریتم های پیشرفتی در همترازی چندگانه رشته ها همراه با ساخت درخت فیلوژنتیک و بهبود نتایج با استفاده از روش اصلاحی

همترازی چندگانه رشته های بیولوژیکی یکی از مسائل مهم و چالش برانگیز برای آنالیز این رشته ها در علوم بیوانفورماتیکاست که میتوان از آن در کاربردهای مختلف همچون تشخیص سلولهای سرطانی استفاده نمود. در این مقاله از روشهایپیشرفتی به منظور همترازی چندگانه رشته ها استفاده شده است. ابتدا با استفاده از معیار فاصله درخت فیلوژنتیک رشته ها ساخته-شده و سپس همترازی رشته ها با استفاده از الگوریتم های پیشرفتی انجام می گیرد. این الگوریتم از پایینترین سطح درخت شروعبه همتراز کردن رشته ها کرده و به سمت ریشه حرکت میکنند. در فاز بعدی برای بدست آوردن دقت بیشتر فاز اصلاح انجام می-گیرد، یه این معنی که درخت نهایی از بخشهایی شکسته شده و دوباره عملیات همترازی بر روی بخشها صورت انجام می گیرد،این عمل سبب کاهش خطای ناشی از همترازی در ساخت درخت می گردد. الگوریتم پیشنهادی در زبان متلب پیاده سازی شده و برروی شش رشته پروتئینی اجرا گردید. نتایج حاصل با Clustalw مقایسه شد که نشان دهندهی بهبود دقت روش ارائه شده نسبت به Clustalw می باشد.

Keywords:

بیوانفورماتیک , همترازی چندگانه رشته ها , روش پیشرفتی , درخت فیلوژنتیک